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질문 RNA sequence 에서 프라이머 제작 시, 인트론 사이의 엑손을 선택하면 안되는 이유?
알로봇의비밀(과기인)  | 08.03 21:50
첨부파일 파일첨부: RNA-seq, intron features.png (475 KB)
이미지 첨부파일

 

안녕하세요.

최근들어 유전자 분석, 공부하고있는 중입니다.

NCBI에서 특정 유전자에 대한 exon/intron을 확인하고 각각의 염기서열에 대한 정보를 확인하고있는데,,

다음의 그림에서 노란색 음영으로 표시한 것 들 중, 6번의 경우, 엑손이 굉장히 작은 부분을 차지하고 있어 2개의 인트론이 1개의 인트론으로 표시되었습니다. 

만약, 인트론 사이 엑손을 사용하게 된다면 어떠한 문제가 있나요..?

(프라이머 크기와 관련하여 답이있을 것 같은데..잘 모르겠습니다ㅠㅠ)

혹시 아시는 분 있으시면 답변 부탁드리겠습니다.

감사합니다.

#RNA sequence
 
#intron
 
#exon
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답변 본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.
꽃개구리느림보  |  08.03 23:04  
채택답변: 질문자가 채택한 답변입니다.

6번 인트론은 하나가 아니라, 2가지 형태, 즉 alternative isoform입니다. 대표 형태는 엑손이 있는 것이구요. 두 유전자 모델 각각의 read depth를 보면, 윗쪽의 엑손이 없는 모델(alternative isoform)에 붙은 RNA read의 갯수는 130개로, exon이 있는 representative isoform이 2730, 3942 인 것과 비교해서 극히 미량입니다. 그 엑손에 프라이머를 위치시키면 exon이 들어간 대표형태 (representative isoform)만 증폭하게 됩니다. 선택성의 문제이죠. 

그런데, 그림 상으로 그 인트론에 포함된 짧은 엑손은 길이가 50도 안될 것 같은데, 여기서 최적의 프라이머를 짜기가 어려울 수 있습니다. 꼭 거기가 아니라도 된다면 alternative splicing 문제가 없을 엑손을 선택하는 것이 현명할 듯 합니다. 

알로봇의비밀  |  08.06 20:01  

답변 감사합니다 ㅠㅠ 도움이 많이 되었습니다

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