실험 Q&A Mol. Biol.-RNA > mRNA Analysis
RNA seq library 제작을 위한 RNA sample에 DNase를 반드시 처리하는 것이 좋을까요?
레벨2 무선충전기 (대학생)
안녕하세요 NGS에 대해서 공부하고 있는 학생입니다.
library 제작을 위해서 RNA를 trizol을 이용해서 RNA prep을 진행하려고 합니다.
trizol을 이용한 prep의 마지막 단계에서 DNase를 처리하여 rDNA등을 제거하는 과정이 있는 것으로 알고 있습니다.
순수한 RNA만을 이용하여 library를 제작해야겠지만 제가 사용하는 library 제작과정중 mRNA만을 purify하는 magnet bead가 있는데 DNase를 처리해서 DNA를 제거하는 것이 반드시 필요한 과정인지 궁금합니다.
정량의 문제는 qubit을 이용하고 있기 때문에 RNA만을 specific하게 정량하면 정량에서의 문제도 없다고 판단하고 있습니다.
RIN number의 경우에도 Tapestation을 이용해서 측정을 할 얘정인데, RIN number는 18S, 28S rRNA의 양의 비교를 통해서 얻는 값이기 때문에 DNA가 섞여있다고 해도 큰문제가 없지 않을까 생각하고 있습니다.
제가 진행하려는 방법에 여러가지 문제가 될만한 요소들이 보이기는 하지만 정말 문제가 될지에 대한 확신이 없어서 저와 비슷한 경험을 하신분들이 계시다면 답변 기다리겠습니다.
감사합니다!
Bio마켓 프리미엄