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mature mRNA로 cloning한건가요?
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레벨1
Dodorian
(대학생)
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20.07.11 12:43
cDNA로는 PCR이 안되서 gDNA에서 cloning 했습니다
진핵세포의 유전자 서열은 cDNA로 분석해야 mature 서열을 알수 있습니다.
gDNA 서열로 비교하려면 등록된 서열을 기준으로 할수 밖에 없고 등록서열과
다른 부분이 생기면 결국 cDNA 서열 분석을 해야 다른 부분의 분석이
가능합니다.
아니면 해당 식물의 전체 genome 서열이 있으면 gDNA 서열로도 비교
가능합니다.
해당 서열이 RNA로 전사되는지 증거가 없다면 exon 추정은 섣부른 가정이 됩니다. 식물 유전자 구조에서 1kb 정도의 인트론 길이 다형성은 드문 일이 아닙니다. 또 그것을 이용해서 유전자 기반의 길이다형성 마커들을 만들기도 합니다.
어떤 서열이 단백질을 코딩하느냐 마느냐 하는 것을 판단하는 작업은 일반적인 방법론이 있습니다. 그게 여러 측면을 종합적으로 판단하는 거라서 질문자의 상황에 적합한지 모르겠네요. 간단히 가능성을 따져보려면 NCBI NR db의 단백질과 (번역된) 전사체 서열을 blastx로 검색하는 것이 효율적일 듯 합니다.