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 전체 > Molecular Biology-DNA > Sequencing
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질문 sequencing 결과. 추가 서열에서 새로운 Exon 존재 가능성이 있나요?
알Dodorian(대학생)  | 07.11 11:23

안녕하세요

어떤 식물체에서 목표 유전자를 찾기 위해 알려진 종의 데이터베이스에서 해당 유전자의 sequence정보를 바탕으로 PCR하여 클로닝한 후 Plasmid를 업체에 맡겨 sequencing을 했습니다.

sequencing 결과 인트론 중간에서 약 1000bp정도의 추가 서열을 찾았습니다. 다만 이렇게 긴 것은 처음이라 혹시 다른 엑손이 존재할 수 있지 않나 생각이 드는데 이걸 확인인할 수 있는 방법이  있을까요? 

#sequencing
 
#Exon
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답변 본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.
대왕개구리SPEED  |  07.11 11:26  

mature mRNA로 cloning한건가요?

알Dodorian  |  07.11 12:43  
cDNA로는 PCR이 안되서 gDNA에서 cloning 했습니다
대왕개구리SPEED  |  07.11 13:13  

진핵세포의 유전자 서열은 cDNA로 분석해야 mature 서열을 알수 있습니다.

gDNA 서열로 비교하려면 등록된 서열을 기준으로 할수 밖에 없고 등록서열과

다른 부분이 생기면 결국 cDNA 서열 분석을 해야 다른 부분의 분석이

가능합니다.

아니면 해당 식물의 전체 genome 서열이 있으면 gDNA 서열로도 비교

가능합니다.

꽃개구리느림보  |  07.13 00:44  

해당 서열이 RNA로 전사되는지 증거가 없다면 exon 추정은 섣부른 가정이 됩니다. 식물 유전자 구조에서 1kb 정도의 인트론 길이 다형성은 드문 일이 아닙니다. 또 그것을 이용해서 유전자 기반의 길이다형성 마커들을 만들기도 합니다. 

어떤 서열이 단백질을 코딩하느냐 마느냐 하는 것을 판단하는 작업은 일반적인 방법론이 있습니다. 그게 여러 측면을 종합적으로 판단하는 거라서 질문자의 상황에 적합한지 모르겠네요. 간단히 가능성을 따져보려면 NCBI NR db의 단백질과 (번역된) 전사체 서열을 blastx로 검색하는 것이 효율적일 듯 합니다. 

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