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레벨5
BlackSmile
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20.07.11 03:38
우선, Vc, Vh, Vp, Vs, Vv 5개 species의 16s rRNA 서열정보를 얻으셔야 합니다(서열정보는 알고 계신다는 가정하에 step을 설명하자면...)
1. 서로 다른 2개의 DNA의 상동성(보통 homology라고 번역함)을 비교하는 방법은 nucleotide blast(https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=blastn&PAGE_TYPE=BlastSearch&LINK_LOC=blasthome)를 이용해야 합니다.
홈페이지 중간에 보면 Align two or more sequences라는 칸에 체크표시를 하는 게 있을 겁니다. 체크를 하면
위와 같은 창이 하나 뜰 겁니다. Query sequence와 Subject sequence 칸에 각각의 16s rRNA sequence를 기입한 후 BLAST를 돌리면 두 개의 sequence간에 몇%가 일치하는지 확인할 수가 있습니다.
이런 식으로 5개의 species에 대한 16s rRNA sequence를 각각 비교한 후에 나온 수치값을 가지고 그래프를 그리면 됩니다.
그리고 답변은 그냥 질문에 답변하기를 누르시면 밑에 추가로 달리니까 그렇게 추가질문을 계속하시면 됩니다.
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레벨2
glow216
(대학생)
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20.07.12 11:45
답변 감사합니다.
예를 들면 Vc는 8개의16S rRNA 서열을 가지는데, 이에 대한 Similarity를 BLAST를 이용해서 구하고 위와 같은 BoxPlot을 그린다는 것이 잘 이해가 되지 않습니다.
서열을 전체적으로 비교하는 건데 local alignment 방법인 Blast를 사용하면 안되겠죠. global alignment 를 하고, 여기에서 pairwise similarity 를 구하셔야 합니다.