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질문 DNA Similarity
올챙이glow216(대학생)  | 07.10 23:42
첨부파일 파일첨부: 20200710233652.png (33 KB)
이미지 첨부파일

 

우선, 질문에 답변을 받았을 때 댓글을 다는 방법을 몰라서 같은 질문을 반복합니다.

 

DNA 상동성을 분석해서 Box Plot을 그려보려고 하는데요.

제가 논문에서 따라하는 Box Plot은 위의 이미지입니다.

Vibrio의16S rRNA의 차이를 DNA 상동성을 이용하여 분석하였다고 하는데요.

이를 따라서 DNA 상동성을 분석해보려면 어떻게 하는지 궁금합니다.

 

감사합니다!

 

#16S rRNA
 
#DNA Similarity
답변하기
답변 본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.
개구리BlackSmile  |  07.11 03:38  
채택답변: 질문자가 채택한 답변입니다.

우선, Vc, Vh, Vp, Vs, Vv 5개 species의 16s rRNA 서열정보를 얻으셔야 합니다(서열정보는 알고 계신다는 가정하에 step을 설명하자면...)

 

1. 서로 다른 2개의 DNA의 상동성(보통 homology라고 번역함)을 비교하는 방법은 nucleotide blast(https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=blastn&PAGE_TYPE=BlastSearch&LINK_LOC=blasthome)를 이용해야 합니다.

홈페이지 중간에 보면 Align two or more sequences라는 칸에 체크표시를 하는 게 있을 겁니다. 체크를 하면

upload_image

위와 같은 창이 하나 뜰 겁니다. Query sequence와 Subject sequence 칸에 각각의 16s rRNA sequence를 기입한 후 BLAST를 돌리면 두 개의 sequence간에 몇%가 일치하는지 확인할 수가 있습니다.

이런 식으로 5개의 species에 대한 16s rRNA sequence를 각각 비교한 후에 나온 수치값을 가지고 그래프를 그리면 됩니다.

 

그리고 답변은 그냥 질문에 답변하기를 누르시면 밑에 추가로 달리니까 그렇게 추가질문을 계속하시면 됩니다.

올챙이glow216  |  07.12 11:45  

답변 감사합니다.

예를 들면 Vc는 8개의16S rRNA 서열을 가지는데, 이에 대한 Similarity를 BLAST를 이용해서 구하고 위와 같은 BoxPlot을 그린다는 것이 잘 이해가 되지 않습니다.

꽃개구리느림보  |  07.13 00:38  
채택답변: 질문자가 채택한 답변입니다.

서열을 전체적으로 비교하는 건데 local alignment 방법인 Blast를 사용하면 안되겠죠. global alignment 를 하고, 여기에서 pairwise similarity 를 구하셔야 합니다. 

답변하기
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