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질문 16S rRNA
올챙이glow216(대학생)  | 07.07 23:35

이전과 계속해서 이어지는 질문입니다.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_002506.1?report=gbwithparts&log$=seqview

이번에는 두번째 염색체(위 링크)를 확인해보려 하였으나, GenBank (full)에서 rRNA를  찾을 수 없어서 이럴 때는 어떻게 할 수 있는지 궁금합니다.

 

감사합니다!

#NCBI
 
#Genbank
 
#16S rRNA
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답변 본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.
꽃개구리느림보  |  07.08 10:16  
채택답변: 질문자가 채택한 답변입니다.
rRNA gene이 위치한 염색체는 I번입니다. 위 링크는 II번 염색체네요. 
질문에 이미 II번 염색체라고 특정을 하셨는데, 
16S rRNA gene이 I번에만 있다는 것은 유전체 정보 통계란을 보면 확인할 수 있습니다. 
여기에는 총 8개의 16S가 있다는데요, 
1번 염색체에 이미 8개가 다 있기 때문에, 2번에는 없는 것이죠.

 

 

COMMENT     REFSEQ INFORMATION: The reference sequence was derived from
            AE003853.
            The annotation was added by the NCBI Prokaryotic Genome Annotation
            Pipeline (PGAP). Information about PGAP can be found here:
            https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/annotation_prok/
            
            ##Genome-Annotation-Data-START##
            Annotation Provider               :: NCBI RefSeq
            Annotation Date                   :: 04/04/2020 07:37:07
            Annotation Pipeline               :: NCBI Prokaryotic Genome
                                                 Annotation Pipeline (PGAP)
            Annotation Method                 :: Best-placed reference protein
                                                 set; GeneMarkS-2+
            Annotation Software revision      :: 4.11
            Features Annotated                :: Gene; CDS; rRNA; tRNA; ncRNA;
                                                 repeat_region
            Genes (total)                     :: 3,737
            CDSs (total)                      :: 3,610
            Genes (coding)                    :: 3,530
            CDSs (with protein)               :: 3,530
            Genes (RNA)                       :: 127
            rRNAs                             :: 9, 8, 8 (5S, 16S, 23S)  <<<-- 8개 
            complete rRNAs                    :: 9, 8, 8 (5S, 16S, 23S)
            tRNAs                             :: 98
            ncRNAs                            :: 4




전체화면에서 16s ribosomal rna로 검색해보면, 총 8개가 나옵니다.

upload_image
 


NC_002505.1 로 해보세요. 아래와 같은 형식으로 주석이 붙어 있습니다. 

 

     gene            53815..55363
                     /locus_tag="VC_RS00270"
                     /old_locus_tag="VC_r001"
                     /old_locus_tag="VCr001"
     rRNA            53815..55363
                     /locus_tag="VC_RS00270"
                     /old_locus_tag="VC_r001"
                     /old_locus_tag="VCr001"
                     /product="16S ribosomal RNA"

 

 

 

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