실험Q&A를 통해 여러분의 지식을 나누어 주세요. 답변을 등록하시려면 로그인 해주세요.
본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.
-
quickly
(비회원)
-
20.07.07 15:37
프라이머 새로 주문 후 tm 값보다 -5도 정도 낮은 온도를 anealing temp로 맞춰서 test를 하였는데요, 특정 mRNA에서 비슷한 인자보다 60배 이상 증가하는 것으로 나왔습니다.
이런경우 어떻게 trouble shoot 하나요?
> 우선 비교대상을 명확하게 해주셔야 답변을 드릴 수 있을것같습니다.
> 프라이머를 새로 주문하셨다는게 염기서열은 같은데 프라이머만 새롭게 주문하신건지 아니면 새로운 염기서열로 주문해서 qPCR을 셋팅 하시려고 하는지 알려주셔야합니다.
> '특정 mRNA에서 비슷한 인자라고' 표현하신게 다른 프라이머를 사용하셨다는건가요? 아니면 프라이머가 읽는 위치와 유사한 다른위치가 잡혔다는 의미인가요?
-
레벨5
안녕난세포야
(대학원생)
-
20.07.07 16:58
안녕하세요 답변감사합니다.
> 우선 비교대상을 명확하게 해주셔야 답변을 드릴 수 있을것같습니다.
답: 비교 대상은 test여서 positive control 및 negative control이 없이 단일 샘플로 test 하였습니다. 해당 프라이머의 비교 대상은 기존 레퍼런스에서 비슷하게 발현하는 것으로 나타난 관련 인자입니다. 조금은 차이가 나도 30~60배씩 차이가 나는게 좀 이상했습니다.
> 프라이머를 새로 주문하셨다는게 염기서열은 같은데 프라이머만 새롭게 주문하신건지 아니면 새로운 염기서열로 주문해서 qPCR을 셋팅 하시려고 하는지 알려주셔야합니다.
답: 프라이머를 기존 레퍼런스대로 주문하여 anealing 온도를 맞춰본겁니다.
> '특정 mRNA에서 비슷한 인자라고' 표현하신게 다른 프라이머를 사용하셨다는건가요? 아니면 프라이머가 읽는 위치와 유사한 다른위치가 잡혔다는 의미인가요?
답: isoform이 다른 인자이지만 기존 레퍼런스에 따르면 서로간에 크게 차이가 나지 않아야 정상으로 보고있습니다.