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RNA seq data 분석 방법
레벨2 무선충전기 (대학생)
안녕하세요 RNA seq data 분석을 처음 시작하게 되었습니다.
연습용 교제에 oracle을 이용한 실습은 몇번 진행해봤지만 실제로 RNA seq data 분석을 진행해보는 것은 이번이 처음입니다.
책과는 다르게 이제 제가 reference genome을 직접 다운로드 받아서 제가 가지고 있는 RNA-seq data(fastq)를 maping하고 DEG 분석까지 해보려고합니다.
그런데 reference genome을 다운 받으려고 보니까 chromosome 별로 구분 되어있는 등 굉장히 많은 reference file이 있어서 모든 reference를 전부 다운로드 받아야하는지 아니면 특정 파일만 다운받아야할지 궁금합니다.
현제 제가 진행한 RNA-seq data의 경우 mouse의 bone marrow cell에서 RNA-seq을 진행한 건이고 bcl2 file에서 index를 이용해서 sample 별로 구분까지 해두었습니다.
분석 프로그램은 hisat2와 stringtie를 이용해서 분석해보려고 하고 있고, 앞의 과정이 잘진행되면 R을 이용해서 그림도 그려보려고 합니다.
고수님들의 답변을 기다리겠습니다.
감사합니다.
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