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1. 꼬리 자르고 빠른 시간 내에 gDNA prep 진행
2. Column 이용 시 적은 Elution volume으로 gDNA 농축
3. Phenol extraction 시 ethanol precipitation 후 잘 말려주셔야 합니다.
DNA 손상이라는게 별 거 없습니다. 시약 맞게 잘 사용하고 lysis 잘 시켜주면 DNA 손상 최소화 하면서 잘 뽑혀요.
웬만하면 kit 사서 쓰세요.. 그렇게 안 비쌉니다. 요즘 Tissue gDNA prep kit도 여러군데에서 잘 나와 있구요.
genotyping 관련해서 여러 질문 올리시는거 같은데 genotyping 하는 필요한 gDNA 양은 100 ng도 안됩니다. 적으면 10 ng으로도 조건이나 프라이머 잘 잡아서 PCR cycle 늘려주면 밴드 진하게 얻으실 수 있어요. 그런데 눈에 보이는 꼬리에서 뽑는 gDNA가 과연 100ng만 나올까요? 많이 뽑으면 ug/uL 단위로도 나오는게 꼬리에서 뽑는 gDNA입니다. 심지어는 ear punch 후 딸려 나오는 tissue 조각에서도 뽑을 수 있습니다.
관건은 순도입니다. 위 사항 중 1,3 번이 순도에 관한 항목이 되겠습니다. 어떤 방식으로 gDNA 뽑으시는지는 잘 모르겠으나, 같은 양의 gDNA라도 순도 엉망이면 되던 PCR도 안됩니다. A260/A280 = 1.8-2.0 사이로 나오면 PCR 하는데 아무 지장 없어요. 설마 gDNA purity 확인은 안하고 실험하시는 것 아니시죠??
그리고 다른 질문에 대한 답변도 해드리자면, 겔에서 Ladder 부터 보이게 하셔야 PCR 성공 여부 판단할 수 있을 듯 합니다. Ladder가 분해될 일은 없겠지만 Ladder도 새 걸로 바꿔보시고 다른 분들 말씀하신 것 처럼 EtBr 너무 진하게 stain 되어있는 것도 고려해보세요.