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 전체 > Chemical biology > Analysis
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질문 전기영동 결과 Band가 왜 나온 것도 있고 안 나온 것도 있는지, band의 밝기에는 왜 차이가 나는지 궁금합니다.
알이진호11(대학생)  | 06.25 17:57
첨부파일 파일첨부: 주석 2020-06-25 175758.png (66 KB)
이미지 첨부파일

Band가 왜 나온 것도 있고 안 나온 것도 있는지, band의 밝기에는 왜 차이가 나는지 궁금합니다. 사진 첨부upload_image해놓겠습니다. 제발 답변 부탁드립니다 ㅠㅠ

#전기영동
 
#band
 
#아가로스 겔 전기영동
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답변 본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.
대왕개구리SPEED  |  06.25 18:07  

어떤 sample인가요?

개구리무광  |  06.25 18:11  
채택답변: 질문자가 채택한 답변입니다.

무슨 실험을 했는지는 알려주셔야....

일단 밴드 밝기는 핵산의 양을 반영합니다. 

알이진호11  |  06.25 18:55  

 

1번은 화단 흙, 2번은 요구르트, 3,4,번은 립밤, 5번은 손, 6번은 화단흙2, 7번은 동전, 8번은 이퀄라이샘플을 pcr로 증폭한 후 전기영동한 결과 입니다 !!

 
알이진호11  |  06.25 18:56  

무광님,, 핵산의 양이 많을수록 밝기가 밝게 나타난다는 말씀이시죠?

대왕개구리SPEED  |  06.25 18:59  

band가 없는 것은 target 증폭이 안된 것이고 밝기는 target의 증폭량 차이입니다.

알이진호11  |  06.25 19:27  

미생물이 박테리아가 아닌 다른 생물이였을 경우에도 band가 나타나지 않나요? 또다른 이유가 뭐가 있을까요 ㅠㅠ

개구리무광  |  06.25 20:06  

좋은 답변을 얻기 위해선, 먼저 좋은 질문을 해야합니다.

지금 현재 여기 쓰여진 정보만 보고
다른 사람이 정확히 무슨 실험을 했는지
어떻게 알 수 있을까요? (대강 추측은 가능합니다만)

어떤 target을 PCR시켰는지, 이 실험목적은 무엇인지..
실험은 어떻게 했는지 
최대한 실험에 대한 자세한 정보를 알려줘야
그래야 왜 실험이 안됐는지 다른 사람이 추측이라도 할 수 있습니다.

 

알이진호11  |  06.26 00:04  

학교앞 화단의 흙, 요구르트, 손바닥, 동전을 샘플링하여 배지를 배양하고 이에 접종시킴.

샘플링 접종한 배지에서 자란 미생물 중에 하나의 미생물을 선택하여 다른 LB agar 배지에 streacking 하여 미생물을 고체 배지 형태로 저장함. 그 후 계대배양을 하고,starch hydrolysis test, oxidase test, catalase test, DNase test, Tween 80 hydrolysis test .

각 배지에서의 미생물을 PCR로 증폭시킴. 그 후 전기영동 진행함. 이후 염기서열을 업체에 맡겨서 얻고 MEGA 앱을 이용해 Phylogenetic TREE를 그림.

 

 

대략적인 실험 과정입니다
지나가며  |  06.30 01:44   

1. PCR은 DNA 핵산을 증폭하여 관찰하는 실험입니다. 증폭실험을 같이 진행했다면 처음에 존재하는 핵산 template 양을 반영하겠죠?

 

예를 들어 핵산이 1만큼 있는 샘플과 100만큼 있는 샘플을 증폭했다면 (100배 차이는 아니더라도) 증폭한 산물 역시 꽤 차이가 날 겁니다.

 

2. 겔  사진에 밴드 없다고 하시는데 심하게 희미하긴 하지만 제 눈엔 대강 다 같은 위치에 보입니다. 흑백 반전시키고 봐야 되구요, 명암 강도나 민감도, 정 안되면 젤 촬영시간이라도 조정해서 (프로그램에서 당연히 조정할 수 있습니다. 모르면 이거 찍은 실험실 사람에 물어보세요) 보면 다 보일겁니다. 

 

3. PCR에 대해 문제가 생겼을 때에는 무슨 target gene을 증폭하는지 primer는 무엇인지, 적절하게 짜여졌는지, 온도 조건은 적정한지 등을 고려하면 됩니다. 근데 제가 보기엔 어쨌든 잘 나왔어요

개구리CHINyo76_philekorea  |  06.30 16:38  

대략적인 내용으로는 각 샘플에서 미생물을 배양하고 동정을 하려고 하신것 같네요.

LB를 쓰신것을 보면 보통 bacteria을 보고자 하셨을테고, 그럼 16s rDNA region을 target으로 primer를 이용하여 PCR을 진행하셨겠네요.

윗분들 언급처럼 밴드는 대부분 있는 것으로 파악됩니다.

하지만 template의 농도가 차이날 것으로 판단되며, 가능하면 single colony isolation 후에 Gram staining을 통해 해당미생물이 bacteria 계열인지 확인하실 필요가 있습니다. fungi 계열이면 PCR 결과는...

그리고, Gram positive bacteria의 경우 Lysozyme을 처리해야 하는 경우도 있으나 처리 없이 genomic DNA extraction을 진행하셨다면 elution된 DNA 농도는 떨어지고 동일한 volume이라도 농도는 많이 떨어질 수 있습니다. 물론 DNA 농도를 체크하셨다면 차이를 줄일 수 있었을 것 같습니다.

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