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Cell cycle phase를 해석할 목적이 아니라면
보통 Cell과 debris등을 구분하려고 DAPI Hoechst DNA probe를 씁니다.
(FACS 및 특정 Cell에 숙련된 사용자라면 굳이 매번 DAPI/Hoechst염색을 하진 않습니다)
처음 FACS해보는 Cell line이나 tissue-drived cells FACS 돌릴 때 DNA probe를 염색하면 FCS-SSC plot에서 Cell region 을 파악하는데 큰 도움이 됩니다.
UV laser를 이용하는 DAPI나 Hoecshst 33258/33342가 아무래도
FITC, PE등이랑 쓰기 용이하기 때문에 주로 이용됩니다.
질문자님처럼 쓰지 못할경우 FITC랑 PE랑 같이 쓸만한건 7-AAD인데
역시 사용할 Flow cytometer에 7-AAD를 검출가능한
laser 밑 filter가 장비되어있는지 확인해봐야 합니다.
7-AAD검출마저여의치않으면 실험전에 같은 세포를
사용할 flow cytometer에서 검출가능한 DNA probe를 단독염색한뒤
FSC-SSC plot에서 Cell region을 파악하고
그 뒤 원하는 두 종류의 antibody만 써서 실험을 하면 됩니다.
제가 오퍼레이션 해본 FACS칼리버 기준으로 말씀드리면
1채널 FITC, 2채널 PE, 3채널 PE-Cy7 , 4채널 APC를 제일 많이 사용했어요(다른 형광도 사용했지만)
꼭 DAPI일 필욘 없이 사용할 장비에서 몇개까지 한번에 찍을수있는지 , 젤 많이들 사용하는 형광은뭔지, 참고하시는 논문에선 어떤지 확인하고 형광결정하시면 될겁니다