실험Q&A를 통해 여러분의 지식을 나누어 주세요. 답변을 등록하시려면 로그인 해주세요.
본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.
annealing 온도를 맞춰 같이 돌릴 수 있게<br />
primer를 다시 짜는게 좋아보입니다
이론 상으로는 따로 해도 무방합니다.
하지만, 같은 plate에서 해야 좋습니다.
크게 차이가 안난다면,
가장 낮은 tm 값으로 setting을 하셔도 되지만,
반응이 끝나고,
전기영동을 한번 해보시는걸 추천드립니다.
specific하게 반응이 된 것인지 반드시 확인하실 필요가 있습니다.
이론상으로 한 플레이트에서 하거나.
플레이트가 달라지면 plate-to-plate error를 보정하기 위한 기준 유전자가 있어야 합니다. 보통은 house keeping gene이 이 역할을 같이 하게 됩니다.
온도 조건이 다른 타겟들과 다르다면 다른 기준이나 프라이머를 써야 하겠죠.
실험단위(plate run) 마다 있을 수 있는 오차를 보정할 수 있는 reference gene(house keeping)과 기준 샘플(calibrator sample, 또는 대조 샘플)이 없으면 건전한 실험설계가 아닙니다. 눈썰미 좋은 리뷰어라면 체크할만한 (많은 이가 흔하게 저지르는) 문제인 듯 합니다. 경험적으로 별 차이가 없다고 주장해도 약간이라도 부정적인 리뷰어라면 쉽게 받아들이지 않겠죠.
아래는 ABI의 RQ 기술문서 중에서 plate 간 보정에 관한 부분입니다. reference gene뿐만 아니라 기준 샘플 모두 플레이트마다 배치해야 한다는 내용입니다.
<a href="https://assets.thermofisher.com/TFS-Assets/LSG/manuals/MAN0014820_RelativeQuant_UG.pdf">https://assets.thermofisher.com/TFS-Assets/LSG/manuals/MAN0014820_RelativeQuant_UG.pdf</a>
Specify whether the Applied Biosystems™ Software will perform the analysis using an interplate calibrator.
An IPC is a positive qPCR control, template, and assay that can be added to qPCR experiments in a project to provide a method for normalization. When the experiments are added for a collective analysis, a comparison of inter-plate calibrator performance can be used to account for minor variations in instrument performance. 1. Identify the target and sample combination to use as the inter-plate calibrator. IMPORTANT! The inter-plate calibrator must be present on the reaction plates of all experiments added to your project. Include at least three technical replicates on each reaction plate to ensure optimal performance of the calibrator