실험 Q&A Mol. Biol.-RNA > mRNA Analysis
IVT RNA 결과 해석 문의
레벨1 콩콩이 (일반인)
안녕하세요! RNA 합성과 관련해서 문의를 드리고자 합니다.
저는 현재 linearized DNA로 부터 IVT kit를 이용, mRNA를 합성하고 있습니다.
합성된 mRNA를 자동화 전기영동 장치를 이용해 분석을 하면 항상 2 band 가 관찰이 되더라구요.. Total RNA가 아닌 이상 이론적으로는 1 band가 나와야되는 게 아닌가 싶은데, 평균적으로 1000nt 크기 정도가 차이가 나는 2 band가 관찰이 됩니다.
사이즈는 확연히 다르지만 혹시라도 DNA가 남아있는 건가 해서 직접 Gel 전기영동을 내려봤는데요, 아래 사진을 보시면 첫번째 gel 전기영동 결과는 RNA를 합성할 때 DNase를 처리하지 않았지만 합성된 RNA (1ug loading)에서 DNA가 관찰되지 않았습니다.
두번째 gel 전기영동 결과는 RNA를 합성할때 DNase를 처리하였고, 합성된 RNA(2ug loading)에서 DNA가 관찰되지 않았습니다.
브릭의 실험Q&A에서 관련 내용을 찾아봤을 때 2 band가 나온 이유를 유추해보자면
1) non-specific reaction
2) RNA Transcription 시 Termination이 정확하지 않음
3) Product 중 강력한 2차 구조를 갖는 product 존재
4) Heterogeneous polyadenylation
로 정리가 되는데, 1000nt 크기 차이가 나는 RNA 2개가 합성되는 건 어떤 이유와 가장 비슷하게 설명이 될까요...ㅠㅠ
마지막으로 Gel 전기영동 그림을 보시고, RNA의 상태는 괜찮은지(integrity가 괜찮은지) 의견을 주시면 감사하겠습니다.
날씨가 많이 덥네요, 이제 진짜 여름이 온 거 같습니다.
더운 날씨에 코로나도, 건강도 조심하시고 즐거운 주말 보내시길 바랍니다:)
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