[DEBUG-WINDOW 처리영역 보기]
즐겨찾기  |  뉴스레터  |  오늘의 정보  |  e브릭몰e브릭몰 회원가입   로그인
BRIC홈 실험
라이카써머캠프
스폰서배너광고 안내  배너1 배너2 배너3 배너4
과학으로 본 코로나19 (COVID-19)
전체보기 안전점검 논문교환 LABox
 전체 > Molecular Biology-RNA > mRNA Analysis
조회 504  스크랩 인쇄하기 주소복사 트위터 공유 페이스북 공유 
질문 IVT RNA 결과 해석 문의
알콩콩이(일반인)  | 06.06 16:19

안녕하세요! RNA 합성과 관련해서 문의를 드리고자 합니다.

저는 현재 linearized DNA로 부터 IVT kit를 이용, mRNA를 합성하고 있습니다.

합성된 mRNA를 자동화 전기영동 장치를 이용해 분석을 하면 항상 2 band 가 관찰이 되더라구요.. Total RNA가 아닌 이상 이론적으로는 1 band가 나와야되는 게 아닌가 싶은데, 평균적으로 1000nt 크기 정도가 차이가 나는  2 band가 관찰이 됩니다.

사이즈는 확연히 다르지만 혹시라도 DNA가 남아있는 건가 해서 직접 Gel 전기영동을 내려봤는데요,  아래 사진을 보시면 첫번째 gel 전기영동 결과는 RNA를 합성할 때 DNase를 처리하지 않았지만 합성된 RNA (1ug loading)에서 DNA가 관찰되지 않았습니다.

두번째 gel 전기영동 결과는 RNA를 합성할때 DNase를 처리하였고, 합성된 RNA(2ug loading)에서 DNA가 관찰되지 않았습니다. 

upload_image

브릭의 실험Q&A에서 관련 내용을 찾아봤을 때 2 band가 나온 이유를 유추해보자면

1) non-specific reaction

2) RNA Transcription 시 Termination이 정확하지 않음

3) Product 중 강력한 2차 구조를 갖는 product 존재

4) Heterogeneous polyadenylation

로 정리가 되는데, 1000nt 크기 차이가 나는 RNA 2개가 합성되는 건 어떤 이유와 가장 비슷하게 설명이 될까요...ㅠㅠ

 

마지막으로 Gel 전기영동 그림을 보시고, RNA의 상태는 괜찮은지(integrity가 괜찮은지) 의견을 주시면 감사하겠습니다.

 

날씨가 많이 덥네요, 이제 진짜 여름이 온 거 같습니다.

더운 날씨에 코로나도, 건강도 조심하시고 즐거운 주말 보내시길 바랍니다:)

#RNA
 
#IVT
 
#band
답변하기
답변 본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.
대왕개구리SPEED  |  06.06 17:45  

전기영동을 보니 반응에 문제가 있는 것 같습니다.

그리고 1000nt차이가 나지않습니다.

예를 들어 3번의 경우 200~250nt 정도 차이가 납니다.

RNA marker와 변성 전기 영동으로 RNA를 다시한번 확인해 보세요.

알콩콩이  |  06.06 18:00  
Speed님, 답변감사합니다:) 1000nt 이라 말씀드린건 위의 질문에는 첨부를 못했지만 Total RNA QC가 가능한 tapestation 장비로 RNA 전기영동을 내렸을 때 확인한 차이입니다. 위 사진에서는 DNA ladder를 걸어서 speed님 말씀처럼 200-250nt 차이로 보이네요ㅜㅜ 반응이라고 하면 IVT를 할 때 DNA양을 조절해보는 것도 방법일까요? 현재는 1 rxn당 DNA 1ug 을 넣어서 합성하고 있습니다.
대왕개구리SPEED  |  06.06 18:05  

반응 조건에서 검토 가능한 것은 모두 검토를 해 봐야겠죠.

결과를 보면 우선 4번 같은 경우 band가 너무 많이 보입니다.

그리고 in vitro transcription 치고는 전체적으로 lane이 너무 지저분 합니다.

알콩콩이  |  06.06 20:25  
RNA도 많이 깨져있나봐요.. 반응조건을 좀 더 검토해보겠습니다. Speed님, 감사합니다!
답변하기
할인행사 광고 검색광고
다온비에스 다온비에스
[DNAGenotek] Oragene Collection kit 무료샘플 사용해보세요!! (7.31까지)
다온비에스 다온비에스
[DNAGenotek] Omnigene·GUT Collection Kit 무료샘플 사용해보세요!! (7.31까지)
브래디 브래디
초저온라벨 등 실험실용 풀칼라프린터 (COVID-19 안전사인 지원) (8.30까지)
필코리아테크놀로지 필코리아테크놀로지
High Multiplex RNA/Protein Expression Analysis System / taco.. (12.24까지)
그린메이트바이오텍 그린메이트바이오텍
[TECAN] Reading과 형광 Imaging을 하나의 장비로 한 번에!! [Multi-mode micr.. (8.31까지)
케이비티 케이비티
Mixer, Dry Bath, Heating Block, Thermo Shaker, Shaking Incub.. (7.10까지)
에펜도르프코리아 에펜도르프코리아
[에펜도르프코리아] Eppendorf 2020 상반기 프로모션 안내 : 실험실 필수품 피펫,원심분리기,PCR.. (8.8까지)
프리미엄 등록안내
외부제휴사 광고 AD
e브릭몰
3/6  좌우
482,000
109,000
139,000132,100
136,000129,200
125,500119,300
6,000
739,000702,100
130,500124,000
493,000
143,800136,700
17,000
23,000
92,30087,700
66,50063,200
47,20044,900
482,000
468,000
370,000
49,000
773,000734,400
339,400322,500
79,50075,600
93,20088,600
52,60050,000
최근등록   더보기 >
DNA Similarity   07.08
액체질소로 냉동보관하고있는 샘플시료 무게정량할때..   07.08
positive control이 없는 inhibitor 개발연구   07.08
HPLC 분석방법 질문입니다.   07.08
논문 그래프로 sigmaplot 괜찮을까요?   07.08
세포 문제   07.08
WB sample만들때 요   07.08
calcein의 농도가 증가함에 따라 pl 파장이 변할 수 있나요?   07.08
성장인자 보관온도   07.08
고등학생 수준에서 할 수 있는 실험이 뭐가 있을까요   07.08
IDT Korea
제품평가
[비아이코퍼레이션]
e브릭몰(연구용 제품 온라인 구매 사이트)
비아이코퍼레이션
모집인원: 50명
모집기간: ~7/15까지
신청조건: BRIC 회원
평가자 혜택

- 참가자 전원 3만원 상품권 제공

제품평가자 모집중
ZEUS
위로가기
실험 홈  |  실험FAQ  |  실험 문의 및 제안
 |  BRIC소개  |  이용안내  |  이용약관  |  개인정보처리방침  |  이메일무단수집거부
Copyright © BRIC. All rights reserved.  |  문의 member@ibric.org
트위터 트위터    페이스북 페이스북   유튜브 유튜브    RSS서비스 RSS
머크