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 전체 > Molecular Biology-Protein > Western Blot Analysis
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질문 western antibody selection 관련하여 질문드립니다!
알초보연구(대학원생)  | 05.28 16:04

안녕하십니까 선생님들!

제가 최근에 western blot을 세팅하고 있습니다.

제가 사용하는 세포는 CHO cell line입니다. CHO cell의 특정단백질(편의상 A라고 하겠습니다.)을 잡는 1차 antibody를 구입하고자 하는데 아무래도 CHO cell 용으로는 A를 잡는 antibody가 출시되지 않아서 human A or mouse A 용 antibody를 구입하고자 합니다.

판매사 홈페이지에 있는 A를 잡는 antibody의 epitope 아미노산 서열에 따라서 human A와 chinese hamster A의 아미노산 sequence를 비교하였을 때 완전히 일치하는 부분이 있습니다. (human A의 100~200 아미노산 서열이 epitope라고 하면 CHO cell A의 90~190아미노산이 human A의 100~200과 정확히 일치)

1) endogenous protein western blot을 할 때 human이나 mouse cell을 사용하지 않는 경우에는 선생님들께서는 어떻게 antibody를 고르시는지

2) 아미노산 서열을 비교해서 antibody를 고르는 방법이 맞는 것인지

에 대해서 알고 싶습니다.

랩에서 처음 세팅하는 것이라 western의 원리부터 공부하고 있습니다만 antibody가 아무래도 고가의 소모품이다보니 신중하게 선택하고 싶어서 질문을 드립니다. 

긴 질문 읽어주셔서 감사합니다!

 

 

#웨스턴블롯
 
#western blot
 
#antibody
답변하기
답변 본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.
개구리무광  |  05.28 16:34  
채택답변: 질문자가 채택한 답변입니다.

저도 한 때 minor한 생물의 cell을 썼었는데요
제가 그 때 antibody를 정하는 기준이

1. 가능하면 epitope가 정확히 공개된 antibody를 추려서 그 부분이 자신의 모델생물의 단백질 서열과 일치하는 지 봅니다.

2. 1번에서 복수의 antibody가 해당될 경우, citation이 많은 antibody를 고른다. 혹은 datasheet 표기상 복수의 종에서 사용할 수 있는 antibody를 고른다 (가능하면 human only, mouse only 등은 피하시는 게 좋습니다)

3. 1번에서 정확히 일치하지 않거나, epitope가 정확히 공개된 antibody가 없으면 (어떤 종의 N 말단 부분을 이용했다 등) 

복수의 종에서 사용 할 수 있는 antibody를 고르고 거기에 포함된 종의 단백질 서열과 나의 모델동물의 단백질 서열을 align해서 epitope 쪽에 큰 차이가 없는지 확인 해 본다. 가능한 conserved한 곳을 epitope로 쓴 antibody로 선정한다.

 

대왕개구리SPEED  |  05.28 16:44  
채택답변: 질문자가 채택한 답변입니다.

1) endogenous protein western blot을 할 때 human이나 mouse cell을 사용하지

않는 경우에는 선생님들께서는 어떻게 antibody를 고르시는지

: 반응성을 보고 선택하면 됩니다.

mouse라고 mouse만 반응하는 것은 아닙니다.

epitope 단위로 Ab 분자가 만들어 지기 때문에 특정 종에서 생산해도 여러 종에서

반응성을 보입니다.

2) 아미노산 서열을 비교해서 antibody를 고르는 방법이 맞는 것인지

: 별로 추천하고 싶지 않는 방법입니다.

만약 a.a 서열로 Ab를 선택한다면 mono- 보다 poly를 선택하는 것이 좋습니다.

알초보연구  |  05.28 16:50  

아무래도 반응성은 chinese hamster에 사용 가능하다고 써있는 경우는 못 봤기 때문에 polyclonal antibody를 사용해야겠습니다. 선생님들의 답변 감사드립니다!!!

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