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질문 단백질/유전자 진화 관련 연구 질문입니다.
뒷다리옹잉잉(대학원생)  | 05.27 20:29

특정 과나 속 등에 속하는 여러 종들의 특정 단백질 구조나 아미노산 서열이나 유전자 염기서열 등을 비교 분석하여서 진화과정에 따라서 어디가 줄거나 늘어나거나 하는 분석을 하고 싶은데요. 제가 모든 종들을 직접 다 클로닝할 수는 없으니 기존 데이터베이스의 자료들을 활용하게 될 겁니다. 

분명 이런 연구가 있을텐데, 좋은 샘플을 얻을 수 없어서 그런지, 그런 분석을 위해서는 데이터를 어느 정도 모아야하는지 등에 대해서 감이 안 옵니다. 특정 종 내에서도 품종/계통이나 개체에 따라서 서열 차이가 있을 수도 있는데, 기존 NCBI나 UniProt 등과 같은 데이터베이스에 있는 것을 몇개나 가져와야 하는지, 해당 과나 속에서 알려지지 않은 종들은 어떻게 처리해야하는지 등을 모르겠습니다.

기초부터 응용까지 알 수 있는 논문이나 책들을 추천해주시면 감사하겠습니다.

#진화
 
#단백질
 
#데이터베이스
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답변 본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.
대왕개구리강시  |  05.28 05:26  

될 수 있으면 최대한 많은 sequence 정보를 얻어서 phylogenetic tree를 그리세요.

결과를 보면 같은 종내의 아종( 또는 균주나 변종들)은 거의 서열이 비슷해서 그룹핑되어 있을겁니다.

그러면 대표 한두개만 남기고 나머지는 삭제하세요.

그러면 원하는 tree가 보일겁니다.

꽃개구리느림보  |  05.28 08:06  
Ortholog를 추적하는 작업인가요?
무작정 시작하기에는 큰 일 같습니다. 우선 ortholog 세트를 정의해야 할 것이고. 다음으로 genome이 잘 정의된 생물체 데이터베이스에서 상동성 검색으로 유사 단백질을 찾고. 또 거기서 Ortholog를 선발하고. 마지막으로 해석까지. 단계적으로 접근해야 하겠네요.
Ortholog set는 직접 정의한 것이 없다면 출판된 core ortholog 데이터베이스에서 시작할 수 있겠고.

특정한 소수 유전자로 시작한다면 그건 좀 쉬운 일일 수 있겠습니다.
생물종 데이터베이스는 NCBI refseq에서 시작할 수 있고. 여기의 결과물을 phylogenetic tree로 볼 수 있어요. 계통 그룹을 taxonomy에 따라서 연관을 표시할 수 있기 때문에 그 그림을 보면 대강 전체적인 윤곽이 나옵니다.

이런 연구들은 많은 상동성 검색 결과 중에서 어떤 것을 ortholog로 받아들일 것인가하는 판단 단계가 중요한데 orthofinder orthomcl같은 전문적인 통합툴을 써보는 것도 좋을 듯 합니다. 또 출판된 논문들을 보면 결과를 가시화하는 재주가 무척이나 중요해 보였습니다.
대왕개구리SPEED  |  05.28 10:08  

진화는 최소 100만년 단위로 일어나고 현재 분류된 종은 모두 진화가 멈춰

있다고 봐야합니다.

질문자가 계획하는 연구는 진화학적인 측면이 아니라 현재 분류가 완료된

종간 비교유전체학적인 측면에서 접근해야 합니다.

이런 학문은 database의 수가 가장 중요합니다.

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