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 전체 > Molecular Biology-RNA > mRNA Analysis
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질문 두 종의 공통 CDS서열 보고 Primer design 방법
올챙이토짜(대학원생)  | 05.26 16:38

안녕하세요 초보대학원생입니다.

Bos tourus와 homo에 둘다 작용하는 primer를 짜고있는데

ncbi프로그램을이용하는것이 아니라 서열보고짜고있는데 잘안되서 질문드립니다.  프라이머 제작조건은 숙지하고있습니다.

교수님께서 한유전자를 정해주셨고 단백질 발현확인하기위해 primer를 짜는 것이여서 소에서 CDS, homo에서 CDS를 알아낸뒤 blast로 공통적인 부분을 찾아 primer를 작성하고있습니다. 제가 한 방법은 exon부분으로 나누어 exon이 포함되도록 짰으나 이게 아니라고합니다. 간략히 말씀해주신게 시작코돈을 체크한뒤 primer를 짜라고 하셨는데 손으로 직접해서 어떻게 만들어야 할지 모르겠습니다. 두 종의 공통적 CDS서열보고 primer 짜는 방법 조언좀 부탁드립니다. 

#Primer
 
#CDS
 
#mRNA
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답변 본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.
대왕개구리SPEED  |  05.26 16:44  

primer의 사용 목적이 뭔가요?

올챙이토짜  |  05.26 17:57  

ㄴspeed님  mRNA가 단백질로 발현되는지 확인하고자 합니다.

대왕개구리SPEED  |  05.26 18:24  
채택답변: 질문자가 채택한 답변입니다.

단백질 발현은 primer하고는 관계가 없습니다.

아마도 mRNA 발현을 확인하는 것 같은데 그러면 CDS에서 어떤 부위든 공통

부위를 정해서 primer로 만들면 됩니다.

대왕개구리강시  |  05.26 19:00  
채택답변: 질문자가 채택한 답변입니다.
소하고 사람하고 공통유전자로 프라이머를 짜되,
프라이머가 붙는 서열이 혹시 다른 유전자 서열과 상동성이 있는지 확인하세요.
PCR product가 너무 길지 않게 하는게 좋습니다.
올챙이토짜  |  05.27 11:11  

ㄴ CDS에서 시작코돈을 표시하라 하셔서 두 종의 CDS의 ATG를 전부 표시하였습니다. 근데 ATG를 다표시하는게 아니라 앞에 숫자보고 시작코돈을 표시하라고 하셨는데 이해가 잘안됩니다 혹시 조언 가능할까요?

대왕개구리SPEED  |  05.27 11:14  

ATG를 전부 표시했다는 것이 어떤 뜻인가요?

CDS에서 유의미한 ATG는 하나입니다.

그리고 숫자보고 표시하는것도 어떤 의미인가요?

 

올챙이토짜  |  05.27 11:17  

ㄴ 제가 이해한것은 genbank에서 서열이 10개씩 6으로 나누어져있는데

3개서열씩 나누어 그중 그 3개가 온전한 ATG를 찾는것으로 이해했습니다. 그냥 무작정 ATG만 찾아 표시했는데 이 방법이 맞는걸까요?

대왕개구리SPEED  |  05.27 11:20  

어떤 의미인지 이해가 안되네요.

CDS를 찾은 후 맨 처음 있는 ATG와 끝에있는 종결코돈을 표시하면 됩니다.

두 코돈 사이에서 공통 부분을 대상으로 primer를 만들면 됩니다.

올챙이토짜  |  05.28 09:05  

ㄴ 질문하나 더드리겠습니다. 죄송합니다.

공통DNA sequence 로 primer짠 후

이제 protein sequence로 primer로 짜는 오더를 받앗습니다.

protein sequence로 primer짜는건 공통부분 찾는건 위와 같은방법으로 blast로 찾았습니다. 그 뒤 시작코돈 M을 다표시하였는데 그 뒤 방법을 모르겠습니다. 혹시 조언 가능할까요 

대왕개구리SPEED  |  05.28 10:11  

protein sequence로 primer를 어떻게 디자인하나요?

아미노산 서열은 primer로 사용 불가능하기 때문에 무슨 뜻인지 모르겠네요?

그냥 N-term sequence를 정리하라는 뜻인가요?

개구리CHINyo76_philekorea  |  05.28 10:38  
첨부파일 파일첨부: staheli2010.pdf (1,876 KB)

Protein sequence로 primer를 디자인 한다는 것이 맞는지 모르겠습니다.

혹시 Consensus-Degenerate Hybrid Oligonucleotide Primer (CODEHOP)을 말씀하시는 것인지요?

저도 직접 해본것은 아니지만 들어본적은 있습니다.

Consensus-Degenerate Hybrid Oligonucleotide Primer (CODEHOP)이 맞는지 확인해 보세요. 

도움이 되는 내용이었으면 좋겠네요.

 

올챙이토짜  |  05.28 20:00  

관심과 조언감사드립니다. 잘해결했네요 정말 감사드립니다.

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