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레벨2
토짜
(대학원생)
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20.05.26 17:57
ㄴspeed님 mRNA가 단백질로 발현되는지 확인하고자 합니다.
단백질 발현은 primer하고는 관계가 없습니다.
아마도 mRNA 발현을 확인하는 것 같은데 그러면 CDS에서 어떤 부위든 공통
부위를 정해서 primer로 만들면 됩니다.
소하고 사람하고 공통유전자로 프라이머를 짜되,
프라이머가 붙는 서열이 혹시 다른 유전자 서열과 상동성이 있는지 확인하세요.
PCR product가 너무 길지 않게 하는게 좋습니다.
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레벨2
토짜
(대학원생)
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20.05.27 11:11
ㄴ CDS에서 시작코돈을 표시하라 하셔서 두 종의 CDS의 ATG를 전부 표시하였습니다. 근데 ATG를 다표시하는게 아니라 앞에 숫자보고 시작코돈을 표시하라고 하셨는데 이해가 잘안됩니다 혹시 조언 가능할까요?
ATG를 전부 표시했다는 것이 어떤 뜻인가요?
CDS에서 유의미한 ATG는 하나입니다.
그리고 숫자보고 표시하는것도 어떤 의미인가요?
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레벨2
토짜
(대학원생)
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20.05.27 11:17
ㄴ 제가 이해한것은 genbank에서 서열이 10개씩 6으로 나누어져있는데
3개서열씩 나누어 그중 그 3개가 온전한 ATG를 찾는것으로 이해했습니다. 그냥 무작정 ATG만 찾아 표시했는데 이 방법이 맞는걸까요?
어떤 의미인지 이해가 안되네요.
CDS를 찾은 후 맨 처음 있는 ATG와 끝에있는 종결코돈을 표시하면 됩니다.
두 코돈 사이에서 공통 부분을 대상으로 primer를 만들면 됩니다.
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레벨2
토짜
(대학원생)
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20.05.28 09:05
ㄴ 질문하나 더드리겠습니다. 죄송합니다.
공통DNA sequence 로 primer짠 후
이제 protein sequence로 primer로 짜는 오더를 받앗습니다.
protein sequence로 primer짜는건 공통부분 찾는건 위와 같은방법으로 blast로 찾았습니다. 그 뒤 시작코돈 M을 다표시하였는데 그 뒤 방법을 모르겠습니다. 혹시 조언 가능할까요
protein sequence로 primer를 어떻게 디자인하나요?
아미노산 서열은 primer로 사용 불가능하기 때문에 무슨 뜻인지 모르겠네요?
그냥 N-term sequence를 정리하라는 뜻인가요?
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레벨5
CHINyo76_philekorea
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20.05.28 10:38
Protein sequence로 primer를 디자인 한다는 것이 맞는지 모르겠습니다.
혹시 Consensus-Degenerate Hybrid Oligonucleotide Primer (CODEHOP)을 말씀하시는 것인지요?
저도 직접 해본것은 아니지만 들어본적은 있습니다.
Consensus-Degenerate Hybrid Oligonucleotide Primer (CODEHOP)이 맞는지 확인해 보세요.
도움이 되는 내용이었으면 좋겠네요.
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레벨2
토짜
(대학원생)
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20.05.28 20:00
관심과 조언감사드립니다. 잘해결했네요 정말 감사드립니다.