실험 Q&A Mol. Biol.-RNA > mRNA Analysis
진핵생물에서 qRT-PCR 프라이머 제작 질문
레벨2 카제카게 (대학원생)
안녕하세요.
미생물전공하고 있는 대학원생입니다.
다름아니라, 진핵생물에서 qRT-PCR 프라이머를 제작하려고 하는데 지식이 부족해서 여기에 올려서 고수님들의 조언을 듣고자 합니다.
제가 알고 있는 짧은 지식은,
원핵생물은 전사된 것이 가공과정을 거치지 않고 번역으로 이루어져서, DNA 서열만으로 qRT-PCR 프라이머 제작이 가능합니다.
하지만, 진핵생물의 경우, splicing과 같은 가공과정을 거쳐 mRNA가 maturation이 된다고 알고 있습니다.
문제는, 제가 진핵생물에서 qRT-PCR 프라이머를 제작하고 싶은데, 단순히 mRNA 전사된 서열만으로 RT-PCR 프라이머를 제작이 가능한지가 궁금합니다.
splicing이 여러가지 경우의 수가 있지만, 전사체 분석한 결과에서 서열을 읽은 데이터를 기반으로 제작하고자 합니다.
저의 경우, 원핵생물에서 qRT-PCR용 프라이머 제작 시, mRNA 서열의 5'부터 프라이머를 제작하였습니다만,
진핵 생물에서는 capping 된 것 보다는, poly A tail 근방에서 하려고 합니다. (위치 선정은 자유롭게 해도 되는지 궁금합니다.)
그래서, mRNA의 3'에 가까운 150~200bp 서열을 이용하고자 합니다.
질문을 요약하면
1. 진핵생물 qRT-PCR 프라이머 제작시, mRNA 서열을 이용하여 진행하고자 합니다.
-> 원래 이렇게 진행하는 것이 맞는지? 틀렸다면 어느 부분을 수정해서 다시 생각해야 하는지 궁금합니다.
2. 프라이머 제작시, 3' poly A tail 근방으로 150~200 bp 으로 진행하고자 합니다.
-> 위치는 상관이 없는지 궁금합니다.
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