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 전체 > Molecular Biology-RNA > mRNA Analysis
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질문 진핵생물에서 qRT-PCR 프라이머 제작 질문
올챙이카제카게(대학원생)  | 05.25 14:22

안녕하세요.

미생물전공하고 있는 대학원생입니다.

 

다름아니라, 진핵생물에서 qRT-PCR 프라이머를 제작하려고 하는데 지식이 부족해서 여기에 올려서 고수님들의 조언을 듣고자 합니다.

제가 알고 있는 짧은 지식은,
원핵생물은 전사된 것이 가공과정을 거치지 않고 번역으로 이루어져서, DNA 서열만으로 qRT-PCR 프라이머 제작이 가능합니다.
하지만, 진핵생물의 경우, splicing과 같은 가공과정을 거쳐 mRNA가 maturation이 된다고 알고 있습니다.

문제는, 제가 진핵생물에서 qRT-PCR 프라이머를 제작하고 싶은데, 단순히 mRNA 전사된 서열만으로 RT-PCR 프라이머를 제작이 가능한지가 궁금합니다.
splicing이 여러가지 경우의 수가 있지만, 전사체 분석한 결과에서 서열을 읽은 데이터를 기반으로 제작하고자 합니다.

저의 경우, 원핵생물에서 qRT-PCR용 프라이머 제작 시, mRNA 서열의 5'부터 프라이머를 제작하였습니다만, 
진핵 생물에서는 capping 된 것 보다는, poly A tail 근방에서 하려고 합니다. (위치 선정은 자유롭게 해도 되는지 궁금합니다.)
그래서,  mRNA의 3'에 가까운 150~200bp 서열을 이용하고자 합니다.

질문을 요약하면
1. 진핵생물 qRT-PCR 프라이머 제작시, mRNA 서열을 이용하여 진행하고자 합니다.
-> 원래 이렇게 진행하는 것이 맞는지? 틀렸다면 어느 부분을 수정해서 다시 생각해야 하는지 궁금합니다.
2. 프라이머 제작시, 3' poly A tail 근방으로 150~200 bp 으로 진행하고자 합니다.
-> 위치는 상관이 없는지 궁금합니다.

#gene expression in eukaryote
 
#qRT-PCR
 
#primer design
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답변 본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.
개구리CHINyo76_philekorea  |  05.25 15:51  
채택답변: 질문자가 채택한 답변입니다.

1. mRNA 서열을 이용하시면 되겠으나, alternative splicing에 의한 variant가 나타날 수 있습니다. target gene의 transcript variant를 고려하십시오. 

2. 3' poly A tail 근방 150-200이라면 혹시 3'-UTR을 targeting 하시는 것인지요? 그것이 아니라면 specificity가 높은 coding부분을 선택하시는 것이 좋은 방법이 되지 않을까요? 

올챙이카제카게  |  05.25 16:25  

1. 선생님 말씀처럼, mRNA 서열을 기반으로 하는게 저도 맞을거라 생각합니다.

다만, variant가 다양하니까 결과가 안나타날 수도 있고 나타날 수도 있어서, 원핵생물을 연구하는 제가 보기에 진핵생물을 가지고 유전자 발현을 보는게 참 어려울 수 있다는 생각을 하네요.

 

2. 

3'-UTR 부근이 아니고, 

선생님 말씀처럼, coding region을 타겟하려고 합니다.

 

알려주셔서 감사합니다.

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