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 전체 > Molecular Biology-DNA > PCR/RT-PCR/Q-PCR
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질문 overlap pcr 할 때 primer 디자인 질문드립니다.
알한파인(대학생)  | 05.24 01:51

안녕하세요. PCR을 공부하고 있는 학생입니다. 

기본적인 프라이머 디자인에 있어서 궁금한 점이 있습니다. 

먼저 atg gag acg ctc cag ggg ctg ctg ctg tgg atg ctg ctg agt gtt ggc ggg gtc tgg gca tcc gaa caa aag ctt att tct gaa gaa gac ttg agg ggg cca ctg cgg cca ctg tgc cgg ccc atc aac gcc act ctg gct gct gag aag gag gcc tgc ccc atc tgc atc acc ttc acc acc agc atc tgt gcc ggc tac tgc ccc agc atg gtg cgg gtg atg cca gct gcc ctg ccg gcc att ccc cag cca gtg tgc acc tac cgt gag ctg cgc ttt gct tcc atc cgg ctc ccc ggc tgc ccg cct ggt gtg gac ccc atg gtc tcc ttc ccc gtg gcc ctc agt tgt cac tgc ggg ccc tgc cag atc aag acc act gac tgc ggg gtt ttc aga gac cag ccc ttg gcc tgt gcc ccc cag gcc tcc tct tcc tct aag gat ccc cca tcc caa cct ctc aca tcc aca tcc acc cca act cct ggg gcc agc aga cgt tcc tct cat ccc ctc cca ata aag act tct

 

그리고 ttt cct gat gga gag ttt aca acg cag gat tgc cca gaa tgc aag cta agg gaa aac aag tac ttc ttc aaa ctg ggc gtc ccg att tac cag tgt aag ggc tgc tgc ttc tcc aga gcg tac ccc act cca gca agg tcc agg aag aca atg ttg gtc cca aag aac atc acc tca gaa tcc aca tgc tgt gtg gcc aaa gca ttt atc agg gtc aca gtg atg gga aac atc aag ttg gag aac cac acc cag tgc tat tgc agc act tgc tat cac cac aag att taa

이 두개를 가지고 overlap PCR을 이용할 생각입니다. 프라이머를 설계하고 PCR하는 과정에 있어서 overlap PCR 방법은 어떤 차이가 있나요? 

검색을 해봐도 제가 원하는 기본적인 내용을 찾지 못하고, 프로그램 사용에도 서툴러서 프라이머 디자인부터 막히고 있어서 여쭤보게 되었습니다. overlap PCR 프라이머 디자인에 대해서 설명 부탁드립니다. 감사합니다!

#overlap PCR
 
#overlapping
 
#PCR
답변하기
답변 본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.
대왕개구리SPEED  |  05.24 11:24  

1. 프라이머를 설계하고 PCR하는 과정에 있어서 overlap PCR 방법은 어떤

차이가 있나요? 

: 차이라고 하면 기준이 있어야 하는데 어떤거하고의 차이를 얘기하는건가요?

2개 단편 간의 Overlap PCR 모식도는 아래와 같습니다.

아래 그림을 보고 궁금한 점이 있으면 질문을 주세요.

upload_image

알한파인  |  05.24 15:22  

답변 감사합니다.

제가 알고있는게 없어서 자꾸 질문드려 죄송합니다.

그러면 overlap 방법에서 가운데 부분의 프라이머를 디자인하려면 두 서열의 말단 부분인 ata aag act tct ttt cct gat gga 를 그냥 이어붙여서 24개의 염기로 이루어진 프라이머를 만들면 되는 건가요?

그게 아니라면 중간에 염기를 더 추가해야 하나요? 만약 염기를 더 추가해야 한다면 어떤 기준으로 만들어내는 것인지 궁금합니다.

그리고 혹시 프라이머 디자인에 대한 정보나 자세히 설명되어 있는 인터넷 사이트 등을 알려주시면 정말 감사하겠습니다!

대왕개구리SPEED  |  05.24 16:37  
채택답변: 질문자가 채택한 답변입니다.

만약 A와 B를 연결한다고 하면 A의 마지막과 B의 시작부분을 가지고

F/R primer를 만들면 되고 연결 부위에 다른 염기를 넣어야 하는 경우 외에는

A와 B 서열만 가지고 primer를 만들어야 합니다.

primer 디자인은 PCR 목적에 따라 조금씩 주의해야 할 부분이 다릅니다.

인터넷에 primer 디자인 site가 많기 때문에 PCR primer design으로 여러 site를

찾아서 읽어 보세요.

몇 군데 site에서 모든 primer 디자인에 대하여 나와있지 않기 때문에 여러 site를

찾아서 공부하는게 좋습니다. 

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