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어느 유전자인지는 모르겠으나 염기서열이 알져있는 유전자라면 genebank에서 유전자 염기서열을 확인하세요.
PCR primer가 붙는 서열의 위치를 찾아서 정말 PCR product의 크기가 2kb인지 확인해 보세요.
혹시 진핵생물의 유전자이고 genomic PCR 이라면 intron이 있는지도 확인하세요.
cDNA 를 대상으로 한 실험이라면 alternative splicing의 가능성도 보세요.
이도 저도 아니면 다른 마커를 같이 걸어서 size를 확인하세요.