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PFGE 목적에 따라 marker가 달라집니다.
질문만 봐서는 어떤 목적인지 알수가 없네요.
- A. baumannii (전체 유전체 사이즈 3.2kb~3.5kb) 인데
: 잘못 알고 있는것입니다.
전체 genome size는 약 4백만 bp(4Mbp)입니다.
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레벨2
궁금합니당
(과기인)
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20.04.14 09:54
목적은 임상샘플들 역학관계 분석에 쓰려고 합니다.
표준 균주로 함께 내리기는 할건데, 마커도 같이 확인해야 되는 것 같아서요..
A.a 전체 사이즈 정정해주셔서 감사합니다! 제가 잘못 알고 있었군요~
- 목적은 임상샘플들 역학관계 분석에 쓰려고 합니다.
: PFGE를 하는 목적을 설명하기에는 부족하네요.
논문들을 보니 lambda ladder 를 사용하고 있네요. yeast chromosome marker는 밴드간격이 일정하지 않고, 중간 범위에 밴드가 없어서 비교 실험이 상당히 어렵습니다. 여러가지를 사용해 봤지만 lambda ladder (48.5-1M, BioRad 1703635)가 좋다고 생각합니다. 가격 문제가 있지만요. 요새 PFGE 수요가 줄어서 재고가 있을지 모르겠네요. 미리미리 준비를 하셔야 할 겁니다.
아마도 A. baumannii 임상분리균주들의 DNA 비교분석을 하려는 것 같군요.
보통 이런실험은 분리균주의 gDNA를 agarose blug으로 분리하고 제한효소를 처리해서 PFGE로 분석하지요.
세균의 gDNA를 제한효소로 자르면 분석하기 좋게 10개 정도의 절편이 나오게 하는데, 그러다 보면 각 DNA 절편의 크기가 50 - 500 kb 정도의 크기를 보이게 됩니다.
그래서 lambda concatemer를 사용합니다.
yeast chromosome은 200 - 2,000 kb 이므로 세균의 chromosome과 같이 사용하기에는 너무 큰 크기입니다. 그래서 사용하지 못합니다.
lambda concatemer를 구입하세요.
만일 lambda DNA가 있다면 in-gel ligation을 해서 만들어 사용하기도 합니다만, ......
gDNA를 어느정도 size로 만들어서 실험할건지에 따라 분석 size를 포함할 수
있는 범위의 marker를 사용하면 됩니다.