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마우스 조직에서 RT-PCR, qRT-PCR primer design 질문하려고 합니다. |
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 M5(대학원생) | 04.08 17:54 |
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동물 protein만 보다가 RNA, DNA로 RT-PCR 또는 qPCR, qRT-PCR 하려고 합니다.
조직에 감염된 기생충의 detection을 하고 싶어서 PCR 하려고 하는데요. 주변에서 mouse의 sequence와 제가 보고 싶은 기생충의 sequence 두개를 같이 알아야한다고 하셨습니다. 무슨 이유인지는 알겠으나, PCR 실험 시 2개의 sequence를 왜 알아야 하는지를 잘 모르겠어서요.
그리고, 조직에서의 RT-PCR이 나을까요? 아니면 그냥 DNA만 추출해서 qPCR로 하는게 나을까요? 그리고 RT-PCR 할 때의 primer와 qPCR primer를 디자인을 다르게 해야하는 건가요?
아시는 분 또는 해보신 분 답글 부탁드립니다ㅠㅠ
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#조직 PCR #RT-PCR #qRT-PCR |
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본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다. |
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 아이스티 | 04.09 18:00
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마우스에 조직에서 기생충이 감염된 것을 확인하기 위해서는 그 조직이 마우스가 맞는 것인지, 또 기생충이 감염된 것이 맞는 것인지를 알아야하는데 그러면 마우스의 sequence, 기생충의 sequence 두 개가 있어야 확인할 수 있기 때문에 2개의 시퀀스가 필요합니다.
RT-PCR, qPCR은 둘 중 원하시는 대로 실험하시면 됩니다. RT-PCR은 밴드를 직접 눈으로 확인할 수 있지만 최종 증폭 산물의 양을 보기 때문에 초기 유전자 발현량의 차이를 비교적 확인하기 힘든 단점이 있구요. qPCR은 유전자가 증폭되는 과정을 실시간으로 볼 수 있고, 초기 유전자 양을 비교적 정확하게 계산할 수 있는 장점이 있습니다. 실험자가 원하는 방향에 따라 RT-PCR, qPCR 골라서 하시면 됩니다.
RT-PCR은 product의 사이즈가 보통 작아도 200bp 이상으로 디자인합니다.
qPCR은 product size가 50-150bp정도가 되도록 디자인 하기 때문에 primer 디자인을 다르게 하는 것입니다. RT-PCR product length가 100 bp가 돼도 agaros gel에서 관찰가능 하기 때문에 꼭 primer를 한 세트만 주문하고 싶으면 100~150bp가 되도록 디자인해도 되긴합니다.
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