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질문 NCBI gene 및 product 검색
알(대학원생)  |  04.06 19:50

안녕하세요 NCBI 사용법에 대해서 조금씩 알아가고 있는 석사 1학기생입니다..

2017-Genomic insights into the virulence and salt tolerance of Staphylococcus equorum 의 논문에서 나온 Beta-hemolysin gene을 찾고있는데요.

upload_image

위 사진에서 블록처리된 AVJ22_RS14095을 찾고싶습니다.

Locus tag 인건 알겠는데 NCBI에서 Hemolysin 관련 유전자는

CDS             complement(1..684)
                     /locus_tag="AVJ22_09405"

위와 같이 AVJ22_ 까지만 일치하고 제가 찾고싶은 RS14095는 찾아볼수가 없습니다.. ㅜㅜ 

 

*표시는 plasmid에 위치한다고 하여서 Replicon의 chromosome이 아닌 plasmid에서 검색을 해봤는데

plasmid에서도 마찬가지로 AVJ22_ 뒤에 영문이 아닌 숫자만 나옵니다..

 

 

그래서 결론은

1. Locus tag의 AVJ22_ 및 RS14095의 의미가 있는지?

2. 다른 방향으로 gene을 검색할 방법이 있는지?

가 궁금합니다.

도움 부탁드립니다..ㅜㅜ

#ncbi
 
#annotation
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답변 본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.
꽃개구리느림보  |  04.09 11:44  
채택답변: 질문자가 채택한 답변입니다.

1. Locus tag의 AVJ22_ 및 RS14095의 의미가 있는지?

NCBI에서 reference genome sequence인 NZ_CP013714.1과 plasmid 5가지(NZ_CP013715-NZ_CP013719)를 찾아보니까, 두 버전의 locus tag을 사용하고 있습니다. "RS"가 붙은 버전이 NCBI refseq database로 들어갈 때 재가공되면서 새로 붙은 것이고, 없는 버전은 아마도 저자들이 등록할 때 붙인 old locus tag일 겁니다. 대충 보니까 두개의 버전이 숫자가 대체로 비슷하면서도 또 다른 점이 있네요. 혼동하지 마세요. 

예시로 든 hemolysin homolog AVJ22_09405는 old locus tag이고, 새로운 정식 locus tag은 AVJ22_RS09420 입니다. 이런 식입니다. 

논문에서 언급된 locus tag는 NCBI refseq의 locus tag이고, RS로 시작되는 것이 맞습니다. 그런데 pC2014-5 플라스미드의 마지막 유전자 RS14090을 마지막으로 RS14095는 주석이 붙어있지 않았습니다. 어쩌면 pC2014-5 플라스미드의 주석이 붙지 않은 서열을 blast 검색해서 뒤져보면 나오지 않을까요?

 

2. 다른 방향으로 gene을 검색할 방법이 있는지?

NCBI에 해당 locus tag이 없기 때문에, 제 생각에는, 저자들이 기존에 등록하지 않은 유전자서열을 새로 찾았기 때문에 등록이 안 된 것 같습니다. 흔한 일입니다. 최초 등록 당시에 유전자 예측이 완벽할 수 없으니까요.

M&M 내용을 자세히 보시고 어떤 버전의 annotation을 사용했는지, 그게 새롭게 예측해서 추가한 유전자라면 어디에 등록했는지를 찾아보세요. 

아마, 저자가 등록한 서열이 있을 듯 합니다. Suppl 데이터에서 찾아보세요. 또 어떤 저자들은 NCBI 등록 서열말고 후속으로 발전시킨 유전체 정보를 따로 관리하기도 합니다. 독립적인 웹사이트가 있을 수 있으니 찾아보세요. 

특수한 경우에, 특허가 걸린다거나 하는 경우에 서열공개가 제한적일 수 있습니다. 이 경우라면 저자들이 했던 분석을 똑같이 따라해봐야 겠죠. 

알  |  04.09 17:14  

친절한 답변 감사합니다 선생님. 정말 많은 도움이 되었습니다!!

선생님 같이 친절하신 분들이 계셔서 막힐때도 주저앉지 않는 힘이 생기는것 같습니다.. 건강하세요!

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