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 전체 > Molecular Biology-Protein > Extraction/Isolation
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질문 lysis buffer 조성이 western blot 밴드 위치에 차이를 줄 수 있을까요?
개구리클레엉(대학원생)  |  04.06 17:31

제가 보고자 하는 한 단백질이 abcam 등 항체 업체들의 데이터시트에서는 20~25kda 사이에 나오고 있습니다.(약 22kda) 그런데 제가 western blotting을 하면 꼭 25kda이나 그보다 약간 위에 나오고 있습니다. 제가 사용하는 gel 은 12% 아크릴아마이드 겔입니다.

이런 차이가 혹시 lysis buffer 떄문에 오는걸까 싶어서 저희 연구실에서 사용하는 lysis buffer 조성을 올려봅니다.

포스포폼을 볼 때는

50mM Tris(Ph 7.4)

150mM NaCl

1mM EDTA

0.25% deoycholate

1% triton X-100

phosphatase inhibitor(sigma)

protease inhibitor(roche)

위와 같은 조성을 사용하고 있고

 

일반적인 조성 및 조직은 

50mM Tris(Ph 7.4)

150mM NaCl

1mM EDTA

2mM Na3VO4

1mM NaF

0.25% deoycholate

1% triton X-100

phosphatase inhibitor(sigma)

protease inhibitor(roche)

를 사용하고 있습니다. 

 

제가 본 밴드 쉬프팅 현상은 포스포폼을 보는 lysis buffer를 사용했을 때 나타난 현상이었는데요, 저정도의 밴드 쉬프팅은 있을 수 있는 것인지, 만일 그렇지 않다면 제 라이시스 버퍼에서 뭘 고쳐야할지 알려주시면 감사하겠습니다.

 

#lysis
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답변 본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.
개구리Q.E.D.  |  04.09 13:30  
채택답변: 질문자가 채택한 답변입니다.
첨부파일 파일첨부: Screenshot_20200409-133211_Word.jpg (130 KB)
이미지 첨부파일
제가 만나뵈었던 많은 기초 교수님들은
그 정도는 있을 수 있다고 하셨었지만...

만들 용량을 정하고 아래와 같은 조성과 농도가
되었을 때 그런 경우 없이 포스포 폼과
일반 폼 모두 잘 나왔고, 그 결과SCI 5편에
깨끗한 WB 결과를 실었었어요~
참고하시라고 올립니다
개구리클레엉  |  04.09 13:49  

감사합니다 참고하겠습니다^^

대왕개구리SPEED  |  04.09 14:18  

분자량 마커 제조사 별로 전기영동 해보면 분자량이 차이가 나는 경우가

많습니다.

질문에 나온 분자량 차이 정도는 마커 문제일 가능성이 많습니다.

분자량 마커라고 항상 정확한 분자량은 아니고 약간의 차이가 발생합니다.

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