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 전체 > Molecular Biology-DNA > Gene Cloning
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질문 Ubiquitin promoter 1~2 bp insertion 문제
올챙이SpongeBob(과기인)  |  03.27 10:31

안녕하세요.

클로닝 진행중에 질문이 있어 글 올립니다.

promoter ubiquitin을 PCR로 떠서 cloning 중에 있는데 cloning 후 seq을 읽어보니 2개 bp가 insertion 되어 있었습니다 (chromatogram 확인).

upload_image

그런데 제가 다른 plasmid에 seq을 찾아보니 어떤 경우에는 c가 하나 더 있는 경우도 있었습니다.

promoter의 경우 저렇게 1~2개 ba가 insertion 되어도 크게 문제가 되지 않는 건가요?

 

 

 

#클로닝
 
#프로모터
 
#promoter
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답변 본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.
대왕개구리SPEED  |  03.27 10:58  
채택답변: 질문자가 채택한 답변입니다.

- 다른 plasmid에 seq을 찾아보니 어떤 경우에는 c가 하나 더 있는 경우도

있었습니다

: 따라서 원래 서열은 C가 몇개인가요?

올챙이SpongeBob  |  03.27 19:41  

NCBI에 등록 되어 있는 서열은 제가 노란색으로 색칠한 부분의 C가 0개 혹은 1개 있는 서열이 등록되어 있습니다.

그런데 제가 cloning해서 읽은 서열은 C가 2개 있었습니다. 크로마토그램을 봐서는 seq 에러는 아닌듯 합니다.

 

이 promoter를 유전자 발현에 사용 시 크게 문제가 될까요?

 

 

 

 

대왕개구리SPEED  |  03.27 21:43  

NCBI 등록 번호가 어떻게 되나요?

promoter 구조를 분석해 보고 서열이 엄격히 지켜지는 부위인지 아닌지 보고

예상 가능할것 같습니다.

올챙이SpongeBob  |  03.29 16:38  

감사합니다.

 

NCBI에 등록된 ubiqutin promoter 서열은

LC506529.1 의 133-2125 서열입니다.

Promoter 분석을 통해 그 부분이 엄격하게

서열이 지켜지는 부분인지 아닌지를 어떻게 알 수 있는지 좀 알려주실수 있나요?

감사드립니다.

 

 

대왕개구리SPEED  |  03.29 18:31  

vector의 133bp는 ctgcag인데 질문에 있는 서열은 ggggga로 시작합니다.

첨부 서열의 어디가 promoter 시작 서열인 ctgcag 인가요?

올챙이SpongeBob  |  03.30 08:41  

NCBI 링크의 1131번째 서열부터 "c"가 13개가 나옵니다.

그런데 제가 실제로 PCR로 떠낸 서열은 "c"가 15개가 나왔습니다.

 

그래서 이것을 사용해도 괜찮은지 질문 드립니다.

 

감사합니다.

대왕개구리SPEED  |  03.30 09:20  

첨부 서열의 구조를 파악하기 위해서 질문을 했는데 다른 답변이 올라왔네요.

promoter 구조 분석은 안될것 같고 현재 문제가되는 C는 promoter 부위가

아닙니다.

발현에는 관계없는 부분인데 그 부분까지 사용하는 이유가 있을까요?

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