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질문 primer Tm값 설정이 잘 안될 때
올챙이찡찡이잉(대학원생)  |  03.26 20:56

forward primer 와 reverse primer의 Tm값의 차이가 너무 크면 안되는 걸로 알고 있습니다.

그래서 (snapgene사용) 최대한 그 간격을 줄여보려고 하지만

Restriction enzyme site도 같이 넣어주어서 만든 primer라서 

나중에 잘려나갈 부분을 염두에 두고 그 부분에

다른 서열을 추가하고 빼보아도

자꾸 multiplebinding site가 생기거나 아니면 25mer를 넘어가는 경우가 생깁니다ㅠㅠ 

 

이런 경우에 선배님들은 어떻게 해결하시나요?

친절한 답변 기다리고 있겠습니다ㅠㅠ

-대학원새내기

#PCR
 
#primer
 
#melting temperature
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대왕개구리SPEED  |  03.27 08:47  

Tm만 비슷하면 50mer 이상도 PCR 잘됩니다.

별로 고민거리가 아닌것 같습니다.

후훗  |  03.27 14:44   

25mer가 넘어가도 괜찮지 않나요???

Multibinding이 생기지 않으면서 Tm이 비슷하다면 꼭 mer수에 묶여 있을 이유는 없을 것 같은데요...

non-Multibinding, Tm이 서로 비슷하게 해서 36mer 까지 디자인해서 사용해 봤는데....결과는 잘 나왔어요..

굳이 25me 내외라고 길이를 정할 이유가 없다면 그 이상 하셔도 될 것 같네요

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