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 전체 > Molecular Biology-RNA > mRNA Analysis
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질문 RNA를 확인할 때 어떤 gel을 주로 사용하시나요?
알HunZii(대학원생)  |  03.22 18:32

안녕하세요.

RNA 관련 실험을 하고 있는 석사 과정생입니다.

실험실에 RNA 실험을 하시는 선배가 없어 bric에 질문하게 되었습니다.

저는 in vitro transcription을 통해 mRNA를 만들고 agarose gel에서 확인하고 있습니다.

타겟 band만 관찰될 때도 있고, 그 이하 사이즈의 여러 band가 보일 때도 있습니다.

해당 mRNA를 바탕으로 한 translation이 잘 되는것을 보아, native gel를 사용했기 때문이라 생각하고 실험을 진행해왔습니다.

허나, multi band의 원인이 secondary structure가 파괴되지 않아 그런 것인지 RNA 자체가 degradation된 것인지 확인해야 할 것 같아, RNA 실험하실 때 어떤 gel을 주로 사용하시는지 여쭤보고 싶습니다.

formadehyde-agarose gel을 쓰시는 분들도 계시고, polyacrylamide gel을 사용하시는 분들도 계시는 것 같은데, 둘 다 초보자가 쉽게 만들 수 있을까요??

감사합니다.

#mRNA
 
#gel
 
#agarose
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답변 본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.
대왕개구리SPEED  |  03.22 18:57  

formadehyde-agarose gel, polyacrylamide gel 모두 protocol만 있으면 만들기

어렵지 않습니다.

gel 보다 mRNA를 변성 조건에서 전기영동하는 것이 중요합니다.

formadehyde-agarose gel은 후드에서 만들어야 합니다.

일반 agarose gel을 사용하고 mRNA loading buffer만 변성 loading buffer를

사용하여 전기영동 해 보세요.

 

개구리Q.E.D.  |  03.22 22:53  
추가로 RNA는 135V에서 10분으로
짧게 내릴것을 추천합니다

*전기영동 시간은 정해져 있지 않지만
RNA의 경우, DNA보다 분해가 빨리 일어나서
버퍼가 커버해 주지 못한다면
135V에서 10분, 맥스 20분을 추천합니다~
우선 해보세요~*
대왕개구리SPEED  |  03.22 23:42  

RNA 전기영동 시 V, 시간은 정해져 있지 않습니다.

오히려 빨리 내리면 끌려 내려갑니다.

뒷다리CHINyo76_philekorea  |  03.23 17:41  

저는 예전에  6M urea polyacrylamide gel을 만들어 사용했던것으로 기억하는데, 만드는데 그리 어렵지 않았던것 같습니다.

denaturing urea polyacrylamide gel electrophoresis, 6-8M으로 사용할 수 있습니다.

올챙이  |  03.26 03:20  

저희 실험실에선 Ivt mrna의 경우 formaldehyde gel에 mops buffer를 사용하고 있습니다.

85-100 V 사이에서 천천히 내려 확인합니다 (minigel 기준).

multiple band의 경우, ivt mrna에 한해, heterngenous polyadenylation가 원인일 수도 있을 것 같아요.

데이터를 보지못해서 정확한 답변을 드리기는 어렵네요.

 

ㅅㄹㅇ  |  03.26 14:11   

저희실험실에서는 

RNA degra dation만 확인 할 때에는 DNA agar gel에 내려서 18S 28S 투 밴드만 확인하고요

좀더 인텍트하고 정확하게 봐야 하면 Formadehyde-agar gel을 쓰고요

  samll RNA를 뽑거나 할때 사이즈가 작으면 polyacrylamide gel로 썼습니다.

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