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레벨5
CHINyo76_philekorea
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20.03.19 17:56
Lactobacillus로 qPCR을 진행해 본적은 없으나 primer에 degenerated base가 하나씩 존재한다면 굳이 따로 진행을 안하셔도 될 것 같습니다.
Lactobacillus의 경우 추출된 genomic DNA를 확인해 보셨는지 궁금합니다.
Gram positive bacteria로 알고 있는데 cell lysis가 제대로 진행되지 않으면 DNA 농도가 떨어질것으로 생각됩니다.
확인을 위해서 추출된 Lactobacillus의 DNA 농도를 체크해보시는 것도 필요할 것으로 생각됩니다.
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레벨1
치즈맛후추
(대학원생)
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20.03.19 21:09
DNA농도는 확인해보았습니다 ㅠㅠ nano drop을 이용해서 체크했습니다
기존에 잘 그려진 E.coli에 비해 DNA농도가 훨씬 높았었는데 그 농도가 높아도 lysis가 잘 안될 수도 있는걸까요??
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레벨5
CHINyo76_philekorea
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20.03.20 10:41
DNA prep이 문제 없이 진행되었고, nanodrop 상에 concentration, purity 등이 문제가 없다면, qPCR 전에 routine PCR로 먼저 확인은 하셨는지요?
annealing temp.에 대해 확인이 필요할 것으로 생각됩니다. 논문에서 온도조건과 차이나는 경우가 있을 수 있습니다.
보유하고 계신 lacto 균이 언제 확보하신것인지 모르겠지만, 보유하고 있는 균의.서열이 ncbi와 다를수 있음을 고려하시고 필요한 부분의 서열을 확인해보시는게 좋을것 같습니다. (pcr후 시퀀싱. primer는 degenerative sequence가 없는 부분으로 design)