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실험 Q&A Mol. Biol.-RNA > mRNA Analysis
프라이머 짜려하는데 Isoform1, Isoform2 차이점좀알려주세요!
레벨3 구구갸갸 (대학원생)
프라이머를 짜려고하는데 Aquaporin-3의 isoform1, isoform2이 두개의 차이점이 어떤건가요?? 어떤시퀀스를 짜서 픽을할지.. 도와주세요!!
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답변 2
primer의 디자인은 연구자가 필요한 부분을 기준으로 디자인하면 됩니다.
질문자가 필요한 서열이 어느 부분인가요?
transcript isoform 간의 차이를 보려는 것이 아니라면, 공통 부분을 증폭하도록 짜는 것이 일반적입니다.
NCBI Gene에서 찾아보니 RNA-seq data에서 발현된 형태는 대부분 isoform 1 (NM_004916.1)이네요. 유전자 모델에서 공통부분인 exon2-3-4 사이에서 짜면 무난할 겁니다. 거기서 적당한 프라이머 디자인이 어렵다면, 표준서열인 isoform 1을 주형으로 짜야 겠죠.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/?term=NM_001318144.2&utm_source=gquery&utm_medium=search#gene-expression
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