첫째, SARS-CoV-2의 아미노산 서열은 어딜 가면 알 수 있을까요??
: virus 전체의 아미노산 서열은 없고 virus의 특정 단백질에 대한 아미노산 서열은
알수 있습니다.
원하는 virus 부위를 정해서 NCBI 같은 생물학 정보 database에서 찾아 볼수
있습니다.
둘째, 항체의 아미노산 서열과 구조는 어떻게 표현할 수 있나요??
: 어떻게 라는 것이 무슨뜻인지?
아미노산 서열은 1차 구조로 나타내면 되고 구조는 Fc 부분은 정해져 있고 Fab
부분은 항원에 따라 3차 구조가 변하기 때문에 정해진 항원의 epitope을 3차
구조로 그려서 Fab부분을 컴퓨터 프로그램으로 예측 가능합니다.
셋째, 이 모든 것과 관련된 지식들은 무얼 보면 참고를 할 수 있을까요??
: 여러 분야의 전문 서적을 보고 공부를 해야 하고 우선 아래 분야에 대하여
공부가 필요합니다.
1. virus학 - 구조
2. 면역학 - 항체 구조 및 항체구조의 재배열
3. 단백질공학 - 3차 구조 모델링
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레벨3
생명과학 새내기
(일반인)
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20.03.05 20:13
답변주셔서 늘 감사합니다!
아미노산 서열은 바이러스의 스파이크 부분과 항체의 결합부위를 의미한겁니다.
혹시 면역학이나 바이러스학 도서 중 일부분만 보고도 머신러닝 설계가 가능할까요? 아무래도 고3이다보니 전체를 학습하긴 어려울 듯 한데, 만에하나 이것만은 꼭 봐야 한다 하는 부분이 있을까요?? (페이지 수나 챕터 알려주심 감사하겠습니다@@)
corona virus의 spike 단백질의 3차 구조는 알려져 있습니다(아래 첨부).
spike와 항체 결합 부위라는 표현 보다 spike 단백질로 만든 항체의 Fab 구조라는
뜻이 적합합니다.
몇개의 지식으로 하기 쉽지 않을 겁니다.
지나가려다가 너무 깜직하고 뀌요워서 댓글을 아니달수가 없네 ^^ 횽아가 한글을 사용한지가 오래되서 맞춤법이 초딩임을 이해하고..
"SARS-CoV-2 antibody의 구조와 아미노산 서열을 machinelearning으로 알아내보고자 합니다"
코로나 바이러스 항체구조라고 했쟌아 코로나 바이러스가 만들어내는 단백질이 한두가지가 아니지만 Spike단백질에 대한 항체를 만들고 싶다는 말로 이해했어 근데 항체에도 여러가지 종류가 있어 Monoclonal Antibody, Polyclonal Antibody라고 해서 단일 종류로 한부 위에만 붙느냐 여러군데 붙느냐를 말하는건데 이것들을 어디다 쓸거냐가 중요하거든 .. 질병의 진단 목적이라면 보통은 동물에게 찔러주고 항체가 형성되길 기다려서 피를 뽑아 정제를 하면 항체가 만들어지기 때문에 구지 머신러닝까지 갈필요도 없겠지.
머신러닝이 필요한 부분은 스파이크 단백질을 항원으로 사용하여 사람 몸에서 항체가 생기도록해서 진짜 코로나 바이러스가 들어왔을때 면역시스템이 바이러스를 이길수있도록하는 "백신 개발"에 필요한 경우야. 보통의 단백질은 말이지 그냥 단백질만 찔러줘도 항체가 잘 만들어지지만 코로나 바이러스의 스파이크 단백질은 클래스 1 바이러스 막 융합 단백질 (Class 1 viral membrane fusion protein)이라고 하는 좀 특이한 놈이야. 사촌으로는 HIV랑 인플루엔자 에볼라 이런 놈들이 있어. 단백질의 겉 부분은 그저 미끼일뿐이야 여기에 항체가 붙어봤자 바이러스를 죽이지 못하지 왜냐하면 정작 중요한 부분은 안쪽에 있다가 Conformational change를 통해서 나오기 때문에 만들어진 항체가 쓸모없게되는거거든.
자 이런 관점에서 볼때 항체를 디자인 한다기보단 백신 산업에서 필요한건 항체를 잘 디자인해서 우리 몸에서 만들어진 항체가 실제 바이러스를 죽일수있도록 디자인하는거얌. 믈론 너가 이야기한 머신러닝으로 항원이 아닌 항체를 디자인 해야할때도 있어 암세로를 죽이기위해 디자인된 항체를 찔러주는 경우인데, Immunotheraphy라고 하고 휴스턴에 계시는 앨리슨이란분이 노벨상을 받은 분야이기도해. 차이를 좀 이해하겠지 항원을 디자인하느냐 항체를 디자인하느냐 차이인데 두가지 모두다 단백질 구조학이라는 학문을 좀 알아야 가능해 왜냐하면 인공지능이든 머신러닝이든 코드적으론 지능이란게 없거든 머 복잡한 디자인 컨셉이 필요한게하니라 남들이 만들어놓은 프레임워크를 써야하는거니깐 API만 달달외워도 코드는 짤수있지만 시작에 필요한 청사진은 그릴수가 없을꺼야.
이게 아케텍에관한 문제라 단백질 구조학자, 바이러스 학자, 인공지능 학자 세명이 모여서 토론해도 커뮤니케이션이 서로 되질안아서 청사진이 바로는 안나오는 문제거든.. 엠..그리고 그리고 대부분 간단한 인공지능 예제는 2D 이미지에 관련한건데 3차원 구조를 적용하려면 또 한층의 건너야할 산이 존재하는거고 딱히 생물학이라고 보기보단 Biophysics나 Bioinformatics 혹은 computer Science 중에서도 Computer vision쪽에 가까운거니까 공부할게 많네
화이팅하고 천천히 공부하고 있어바 횽아가 날밤새면서 하고있으니깐 너희들 한테까지 이 골치아픈 숙제를 남겨주고 싶지 않아..