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질문 코로나19 계통도 MEGA로 그리기 질문..
알석사1기(일반인)  |  02.29 16:47
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최근 질본에서 변종이 확인되지 않았다고 발표했었습니다

저는 그냥 심심풀이로 계통도를 그려볼까해서 ncbi를 뒤져보니 아직 등록되지 않은것 같더군요 그래서 기사를 찾아봤는데

https://news.naver.com/main/read.nhn?oid=584&aid=0000007396

1월 20일에 나온 기사에 따르면 중국의 우한사람 첫번째 환자와 박쥐에서 유래한 바이러스의 염기서열이 같은걸 봤습니다.

최근 질본에서 발표한 자료에는 ncbi에 아직 염기서열을 등록하지 않은 것같아서 서울대에서 등록한 염기서열 MT039890을 사용하였습니다

기사에는 우한환자의 염기서열 등록번호가 안적혀있어서 찾아보니 MN908947이더라구요

그래서 기사에 나온것처럼 JX869059, MN908947, MG772933, AY278741, NC006577, NC005147, NC002645, NC005831에다가 MT039890을 추가하였습니다.

계통도를 그린 과정

ncbi에 등록된 염기서열을 메모장에 복사 후 .fasta 확장자명으로 저장 -> MEGA-X 프로그램 실행 후 ALIGN-> Edit/Bulild Alignment -> Retrieve a sequence from a file -> 저장한 .fasta -> Ctrl+A -> Alignment -> Align by ClustalW -> 기본값 설정 -> ---되어있는 부분 정리 -> Data -> Export Alignment -> MEGA format -> MEGA-X에서 PHYLOGENY -> Construct/Test UPGMA Tree -> Test of Phylogeny: Bootstrap method -> No. of Bootstrap Replications:1000 -> 나머지 기본값

이렇게해서 결과를 보면 서로다릅니다..

제가 생각했던 결과는 MN908947, MG772933, MT039890이 같아야 된다고생각합니다....

제가 무엇을 잘못했을까요???

#COVID19
 
#NCBI
 
#MEGA
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답변 본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.
꽃개구리느림보  |  03.05 14:50  

whole genome을 정렬하고 계통도로 해석하는 게 어렵습니다. 어떤 부위의 변이가 어느만큼의 의미가 있는지 무시하게 되기 때문에, 한정적인 동종 유전자 세트나 구간을 선택해서 분석하는 경우가 많습니다. 

제가 바이러스 쪽 아는 게 없어서 조심스럽습니다만, 제시하신 계통도는 RdRp 서열 일부 (410bp)만을 사용해서 그린 것입니다. 다른 논문들에서는 Spike 유전자를 사용하는 경우도 있습니다. 

제가 제시하신 유전체 3개 (MN908947, MG772933, MT039890)를 받아서 정렬해보니, 염기서열 유사도가 MN908947-MG772933, 87.72692%이고, MN908947-MG77293는 87.71021%, 마지막으로 MN908947-MT039890는 99.96990%로 나옵니다. 

공통존재 유전자의 서열만 따지만, 87.53359%, 87.51636%, 99.96898%입니다. 

단백질 서열로 바꾸면, 92.84980%(93.35401%), 92.78817%(93.29199%), 99.93821%(99.93796%)가 됩니다 (괄호안은 공통존재 서열만 비교한 수치). 

 

그러니까, 세 유전체가 같은 것이 아니고, 박쥐(MG772933)는 인간의 두 개와 상당히 많이 다름을 알 수 있습니다. 가장 변이가 많은 유전자는 Spike, 다음으로 RdRp입니다. 서열간의 변이정도를 감안하면, 보수적으로 해석하려면 RdRp를, 최신의 변이를 따라가려면 Spike 유전자를 선택해서 계통분석을 하면 좋을 듯 합니다. 

 

아래 그림은 spike 서열만 뽑아서 사용하신 같은 방법으로 그려본 NJ 계통도입니다. 박쥐가 떨어져 나가고, MERS는 다른 군을 형성하는 것이 확인됩니다. 

 

upload_image

 

내일 중요한 발표가 있는데, 정신이 딴 데 팔려서 이러구 있네요. 

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