[DEBUG-WINDOW 처리영역 보기]
즐겨찾기  |  뉴스레터  |  오늘의 정보  |  e브릭몰e브릭몰 회원가입   로그인
BRIC홈 실험
랩박스 - 형광 이미징의 모든 것
스폰서배너광고 안내  배너1 배너2 배너3
과학으로 본 코로나19 (COVID-19)
전체보기 안전점검 논문교환 LABox
 전체 > Molecular Biology-DNA > Sequencing
조회 1072  스크랩 인쇄하기 주소복사 트위터 공유 페이스북 공유 
질문 코로나19 계통도 MEGA로 그리기 질문..
알석사1기(일반인)  |  02.29 16:47
첨부파일 파일첨부: 4.png (392 KB)
이미지 첨부파일

최근 질본에서 변종이 확인되지 않았다고 발표했었습니다

저는 그냥 심심풀이로 계통도를 그려볼까해서 ncbi를 뒤져보니 아직 등록되지 않은것 같더군요 그래서 기사를 찾아봤는데

https://news.naver.com/main/read.nhn?oid=584&aid=0000007396

1월 20일에 나온 기사에 따르면 중국의 우한사람 첫번째 환자와 박쥐에서 유래한 바이러스의 염기서열이 같은걸 봤습니다.

최근 질본에서 발표한 자료에는 ncbi에 아직 염기서열을 등록하지 않은 것같아서 서울대에서 등록한 염기서열 MT039890을 사용하였습니다

기사에는 우한환자의 염기서열 등록번호가 안적혀있어서 찾아보니 MN908947이더라구요

그래서 기사에 나온것처럼 JX869059, MN908947, MG772933, AY278741, NC006577, NC005147, NC002645, NC005831에다가 MT039890을 추가하였습니다.

계통도를 그린 과정

ncbi에 등록된 염기서열을 메모장에 복사 후 .fasta 확장자명으로 저장 -> MEGA-X 프로그램 실행 후 ALIGN-> Edit/Bulild Alignment -> Retrieve a sequence from a file -> 저장한 .fasta -> Ctrl+A -> Alignment -> Align by ClustalW -> 기본값 설정 -> ---되어있는 부분 정리 -> Data -> Export Alignment -> MEGA format -> MEGA-X에서 PHYLOGENY -> Construct/Test UPGMA Tree -> Test of Phylogeny: Bootstrap method -> No. of Bootstrap Replications:1000 -> 나머지 기본값

이렇게해서 결과를 보면 서로다릅니다..

제가 생각했던 결과는 MN908947, MG772933, MT039890이 같아야 된다고생각합니다....

제가 무엇을 잘못했을까요???

#COVID19
 
#NCBI
 
#MEGA
답변하기
답변 본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.
꽃개구리느림보  |  03.05 14:50  

whole genome을 정렬하고 계통도로 해석하는 게 어렵습니다. 어떤 부위의 변이가 어느만큼의 의미가 있는지 무시하게 되기 때문에, 한정적인 동종 유전자 세트나 구간을 선택해서 분석하는 경우가 많습니다. 

제가 바이러스 쪽 아는 게 없어서 조심스럽습니다만, 제시하신 계통도는 RdRp 서열 일부 (410bp)만을 사용해서 그린 것입니다. 다른 논문들에서는 Spike 유전자를 사용하는 경우도 있습니다. 

제가 제시하신 유전체 3개 (MN908947, MG772933, MT039890)를 받아서 정렬해보니, 염기서열 유사도가 MN908947-MG772933, 87.72692%이고, MN908947-MG77293는 87.71021%, 마지막으로 MN908947-MT039890는 99.96990%로 나옵니다. 

공통존재 유전자의 서열만 따지만, 87.53359%, 87.51636%, 99.96898%입니다. 

단백질 서열로 바꾸면, 92.84980%(93.35401%), 92.78817%(93.29199%), 99.93821%(99.93796%)가 됩니다 (괄호안은 공통존재 서열만 비교한 수치). 

 

그러니까, 세 유전체가 같은 것이 아니고, 박쥐(MG772933)는 인간의 두 개와 상당히 많이 다름을 알 수 있습니다. 가장 변이가 많은 유전자는 Spike, 다음으로 RdRp입니다. 서열간의 변이정도를 감안하면, 보수적으로 해석하려면 RdRp를, 최신의 변이를 따라가려면 Spike 유전자를 선택해서 계통분석을 하면 좋을 듯 합니다. 

 

아래 그림은 spike 서열만 뽑아서 사용하신 같은 방법으로 그려본 NJ 계통도입니다. 박쥐가 떨어져 나가고, MERS는 다른 군을 형성하는 것이 확인됩니다. 

 

upload_image

 

내일 중요한 발표가 있는데, 정신이 딴 데 팔려서 이러구 있네요. 

답변하기
할인행사 광고 검색광고
필코리아테크놀로지 필코리아테크놀로지
nanoString Panel Discount Promotion (~6월15일까지)!!! (6.16까지)
그린메이트바이오텍 그린메이트바이오텍
[TECAN] Spark cyto 하나의 장비로 한 번에!! Multi-mode microplate rea.. (6.20까지)
케이비티 케이비티
[KBT] Rotator, Thermo Mixer, Ultrasonicator, Stirrer 등 기본 실험.. (6.30까지)
셀레믹스 셀레믹스
BTSeq Contiguous Sequencing 서비스 런칭 이벤트 - 무료 분석서비스(1만 마일리지) 제.. (6.30까지)
에펜도르프코리아 에펜도르프코리아
[에펜도르프코리아] Eppendorf 2020 상반기 프로모션 안내 : 실험실 필수품 피펫,원심분리기,PCR.. (8.8까지)
프리미엄 등록안내
외부제휴사 광고 AD
e브릭몰
4/6  좌우
66,50063,200
739,000702,100
17,00014,500
482,000433,800
339,400322,500
93,20088,600
493,000443,700
125,500119,300
482,000433,800
136,000129,200
6,0005,100
52,60050,000
370,000333,000
92,30087,700
924,000
49,00041,700
47,20044,900
870,000
773,000734,400
468,000421,200
139,000132,100
109,00098,100
79,50075,600
23,00019,600
최근등록   더보기 >
Acute TLR7/8 Agonist - R848(Resiquimod) 실험 시약 농도   06.02
Data sheet에 적혀있는 농도가 정확이 어떤건가요?   06.02
세균기작의 저하 방안에 대하여 질문올립니다!!   06.01
Bradford Assay 방정식 질문   06.01
고등학생 반코마이신(vancomycin) 구합니다!!(삽니다)   06.01
Invertase와 exo-inulinase는 동일 효소인가요   06.01
BCA assay 질문 드립니다.   06.01
오토클레이브나 진탕배양기 대체품   06.01
competent cell 자체에는 플라스미드가 없나요   06.01
MTT asaay standard 관련 질문   06.01
그린메이트바이오텍
ZEUS
위로가기
실험 홈  |  실험FAQ  |  실험 문의 및 제안
 |  BRIC소개  |  이용안내  |  이용약관  |  개인정보처리방침  |  이메일무단수집거부
Copyright © BRIC. All rights reserved.  |  문의 member@ibric.org
트위터 트위터    페이스북 페이스북   유튜브 유튜브    RSS서비스 RSS
머크