실험 Q&A Mol. Biol.-DNA > Sequencing
코로나19 계통도 MEGA로 그리기 질문..
레벨1 석사1기 (일반인)
최근 질본에서 변종이 확인되지 않았다고 발표했었습니다
저는 그냥 심심풀이로 계통도를 그려볼까해서 ncbi를 뒤져보니 아직 등록되지 않은것 같더군요 그래서 기사를 찾아봤는데
https://news.naver.com/main/read.nhn?oid=584&aid=0000007396
1월 20일에 나온 기사에 따르면 중국의 우한사람 첫번째 환자와 박쥐에서 유래한 바이러스의 염기서열이 같은걸 봤습니다.
최근 질본에서 발표한 자료에는 ncbi에 아직 염기서열을 등록하지 않은 것같아서 서울대에서 등록한 염기서열 MT039890을 사용하였습니다
기사에는 우한환자의 염기서열 등록번호가 안적혀있어서 찾아보니 MN908947이더라구요
그래서 기사에 나온것처럼 JX869059, MN908947, MG772933, AY278741, NC006577, NC005147, NC002645, NC005831에다가 MT039890을 추가하였습니다.
계통도를 그린 과정
ncbi에 등록된 염기서열을 메모장에 복사 후 .fasta 확장자명으로 저장 -> MEGA-X 프로그램 실행 후 ALIGN-> Edit/Bulild Alignment -> Retrieve a sequence from a file -> 저장한 .fasta -> Ctrl+A -> Alignment -> Align by ClustalW -> 기본값 설정 -> ---되어있는 부분 정리 -> Data -> Export Alignment -> MEGA format -> MEGA-X에서 PHYLOGENY -> Construct/Test UPGMA Tree -> Test of Phylogeny: Bootstrap method -> No. of Bootstrap Replications:1000 -> 나머지 기본값
이렇게해서 결과를 보면 서로다릅니다..
제가 생각했던 결과는 MN908947, MG772933, MT039890이 같아야 된다고생각합니다....
제가 무엇을 잘못했을까요???
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