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질문 고체배지상에서 배양한 fungi의 DNA prep 후 농도가 너무낮습니다ㅜㅜㅜ
알금맘(대학원생)  |  02.26 15:15

고체배지(PDA)에서 배양한 균의 DNA prep을 한 후 nanodrop으로 농도랑 순도를 측정했을때 순도는 좋은데 농도가 너무 낮게나오네요ㅜㅜ 현재 GeneAll Plant SV mini Kit를 사용하고 있습니다! biofact에서 받은 gene extraction kit 샘플을 이용해서도 prep해봤는데 농도가 너무 낮습니다.

균을 고체배지에 배양한 후 균사부분을 1.5ml tube에 수집하여 동결건조시킨 후 비즈를 이용해 갈아준 후 prep에 들어갑니다. 혹시 이렇게 균사를 수집하여 분쇄하는것이 문제가 될까요?

다른 방법이 있다면 댓그 부탁드립니다.

감사합니다!

#fungi DNA prerp
 
#농도
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답변 본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.
대왕개구리SPEED  |  02.26 16:06  

1. 1.5ml tube 1개 추출하여 몇 ul에 녹이고 ul당 어느정도 gDNA가 나오나요?

2. 1.5ml에 균사를 어느정도 모아서 추출하나요?

3. gDNA 사용 용도가 어떻게 되나요?

4. 전기영동으로 gDNA를 확인했나요?

알금맘  |  02.27 12:07  

1. 1.5ml tube에 70㎕에 녹이고 농도는 낮은경우 1.4까지도 나옵니다.

2. 1.5ml tube의 1/3 또는 2/3정도 균사가 차도록 넣습니다.

3. PCR하여 genetic diversity를 보기 위함입니다.

4. PCR 후에 전기영동으로 확인했을때 증폭이 되는것도있고 안되는것도 있었습니다. 농도와는 상관없이 나왔습니다

대왕개구리SPEED  |  02.27 12:33  

1. 1.5ml tube에 70㎕에 녹이고 농도는 낮은경우 1.4까지도 나옵니다.

: ml당 몇 ug정도인가요?

2. 1.5ml tube의 1/3 또는 2/3정도 균사가 차도록 넣습니다.

: 균체 집균하듯이 원심분리 후 어느정도 균사양인가요?

4. PCR 후에 전기영동으로 확인했을때 증폭이 되는것도있고 안되는것도 있었습니다. 농도와는 상관없이 나왔습니다

: gDNA 전기영동은 안했나요?

알금맘  |  02.27 17:06  

1. 1.4ng/µl 나오니까 ml당 1400ng 정도 나옵니다.

2. 균체 수집 후 동결건조하여 파쇄하면 1/3정도 차고 거기서 바로 buffer 를 첨가합니다.

4.gDNA 전기영동은 하지 않았습니다

 

대왕개구리SPEED  |  02.27 17:57  

이정도 양이면 거의 추출이 되지 않았습니다.

균사 파쇄 후 바로 kit의 lysis buffer를 넣고 실험하나요?

lysis 할 때 온도를 몇도까지 올려서 실험 하나요?

우선 균사양을 많이 줄여서 실험해야 합니다.

 

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