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온도로 조절이 안된다면 다른지역을 Target으로 primer를 다시 제작하는게 빠른 해결책이 될수 있습니다.
혹은 현재 사용하는 Target 지역에서 primer에서 A/T로 끝난다면 G/C가 나오는 길이까지 (혹은 G/C에서 끝난다면 A/T가 나오는 지역까지) 조금 더 늘리는것도 방법이 될수 있구요...
Tm이 아니라 annealing temp겠죠..
3개 온도가 어떻게 되나요?
그리고 어떤 pattern으로 band가 나왔는지 전기영동 사진을 올려주면
해결하기가 쉬울것 같습니다.
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레벨6
Applied_Microbe
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20.02.21 17:43
어떤 종류의 샘플을 대상으로 PCR을 하시는지는 모르겠지만.... 그리고 Target band와 non-target band의 사이즈가 얼마나 차이 나는지는 모르겠지만.... template DNA 오염이 아니라면 primer를 다시 짜보시는게 어떨까 생각되네요
annealing temp를 계속적으로 상승시켰는데도 호전되지 않았다면... 3' 부근에 GC배열이 많이 몰려있어도 그렇게 될 수 있습니다.
원하는 pcr product의 염기서열을 알면,
그 DNA를 자르지 않는 제한효소 서너개로 pcr product를 잘라보세요.
Nonspecific band를 자르는 제한효소가 확인되면 그 제한효소로 타겟 DNA를 처리하고나서 다시 PCR 하세요.그러면 원하는 밴드 하나만 나옵니다.