실험 Q&A Mol. Biol.-DNA > PCR/RT-PCR/Q-PCR
PCR band loading 문제
레벨1 반짝반짝 (대학생)
안녕하세요. 현재 실험실에서 연구를 하고 있는 학생입니다.
다름이 아니라 PCR을 하여 gel을 내리고 있는데 계속 loading dye가 보여서 이상해서 질문드립니다.
2% agarose gel은 0.5X TBE buffer로 만들고 있고, 사용하고 있는 gel stain은 pinky solution입니다. 사진을 보시면 2% TBE에 내린 것은 UV로 봤을 때 loading dye도 같이 보이면서 동시에 고른 속도로 내려가지 않은 것을 확인할 수 있는데 왜 그런걸까요..? (gel을 내릴때는 100v로 30분 정도 내립니다.)
생각해본 이유는 1. 저희 실험실이 다르게 gel을 만들때나 DNA를 내리고 나서 gel stain에 염색하는 것이 아닌 gel을 0.5X TBE로만 만든 후 DW와 NaCl과 pinky solution을 섞은 용액에 gel을 넣어서 염색시킨 후 필요할 때마다 gel을 꺼내서 DNA를 내린 후 UV로 확인을 합니다. 원래 사용법에는 없어서 이렇게 해도 될지 의문이 드네요.
2. TBE를 1x로 주로 사용하던데 0.5X여서 저런건 아닌가 생각이 들기도 합니다. (1% agarose gel은 TAE로 만드는데 그곳에서는 loading dye가 관찰되지 않습니다.)
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