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천연물 처치 후 RT-PCR 시 유전자증폭 확인 불가 현상
레벨5 당구왕빠킹 (과기인)
안녕하세요. 천연물에 대해 다루는 연구원입니다.
보통 천연물 시료의 생물학적 스크리닝과 함께 동물세포에 처치하여 유전자의 발현 변화를 확인함으로써(RT-PCR) 타겟 방향을 결정한다거나 효능을 확인하곤 합니다. RT-PCR은 세포로부터 TRIzol을 이용하여 RNA를 확보한 후 oligo dT primer를 이용하여 cDNA를 합성한 후 수행합니다.
일반적으로 세포에 시료를 처치하였을 때, 세포가 죽거나 그렇지 않으면 특정한 유전자의 발현 변화가 나타나야 하는데, 아래 그림과 같이 몇몇 시료에서 모든 유전자의 발현이 나타나지 않는 현상이 발생합니다(housekeeping gene 포함). 이때 세포의 viability는 감소하지 않으며, LDH 또한 증가하지 않고, 세포 모양도 크게 변하지 않습니다.
마우스, 랫, 휴먼 cell line, primary cell에서 모두 같은 현상이 확인되었으나, western blot 또는 ICC로 해당 protein을 확인하면 매우 잘 발현하고 있습니다.
혹시 이러한 현상이 나타나는 원인에 대해 알고 계신 연구자분들의 고견을 듣고 싶습니다. 감사합니다.
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