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특별한 언급이 없다면 Degenerate 가 맞을 겁니다. 염기서열에서 괄호는 여지없이 alternative 염기를 나타냅니다. 불안하면 그 프라이머의 최초 논문을 찾아서 참조서열들을 확인해보세요.
구글해보니까, 처음 디자인할 때부터 degenerate primer라고 나와 있네요. 참고하세요. 뒤의 괄호 안에 있는 염기가 그 바로 앞에 있는 염기의 alternative 입니다.
Primer design for RT-PCR.
To develop a “universal” reverse transcription-PCR (RT-PCR) assay that is capable of detecting HEV strains with significant sequence variations, a multiple sequence alignment of the ORF2 genes of 18 different known strains of human HEV and the prototype U.S. strain of swine HEV was performed (21). Based upon the multiple sequence alignment, two sets of degenerate HEV primers were designed for the universal nested RT-PCR assay: external primer set 3156N [forward, 5′-AATTATGCC(T)CAGTAC(T)CGG(A)GTTG-3′] and 3157N [reverse, 5′-CCCTTA(G)TCC(T)TGCTGA(C)GCATTCTC-3′] and internal primer set 3158N [forward, 5′-GTT(A)ATGCTT(C)TGCATA(T)CATGGCT-3′] and 3159N [reverse, 5′-AGCCGACGAAATCAATTCTGTC-3′]. The expected product of the universal nested RT-PCR was 348 bp.