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 전체 > Molecular Biology-DNA > PCR/RT-PCR/Q-PCR
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질문 프라이머 검색 관련 질문 드립니다
알country11(일반인)  |  02.15 01:20

안녕하세요. 실험 시작하는 대학원생입니다.

PCR을 위해 논문에서 검색을 하다가 프라이머 표기가

5'-CCCTTA(G)TCC(T)TGCTGA   와 같이 되어있는데...

()안에 들어있는 서열의 의미가 무엇인지 몰라서 문의 드립니다.

Degenerate Primer는 아닌것 같고...

당장 물어볼 곳도 없고....ㅠㅠ

기본적인 질문 같지만 설명 부탁드립니다. 감사합니다!!

#프라이머
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꽃개구리느림보  |  02.17 11:44  
특별한 언급이 없다면 Degenerate 가 맞을 겁니다. 염기서열에서 괄호는 여지없이 alternative 염기를 나타냅니다. 불안하면 그 프라이머의 최초 논문을 찾아서 참조서열들을 확인해보세요.
꽃개구리느림보  |  02.20 16:25  

구글해보니까, 처음 디자인할 때부터 degenerate primer라고 나와 있네요. 참고하세요. 뒤의 괄호 안에 있는 염기가 그 바로 앞에 있는 염기의 alternative 입니다. 

 

Primer design for RT-PCR.

To develop a “universal” reverse transcription-PCR (RT-PCR) assay that is capable of detecting HEV strains with significant sequence variations, a multiple sequence alignment of the ORF2 genes of 18 different known strains of human HEV and the prototype U.S. strain of swine HEV was performed (). Based upon the multiple sequence alignment, two sets of degenerate HEV primers were designed for the universal nested RT-PCR assay: external primer set 3156N [forward, 5′-AATTATGCC(T)CAGTAC(T)CGG(A)GTTG-3′] and 3157N [reverse, 5′-CCCTTA(G)TCC(T)TGCTGA(C)GCATTCTC-3′] and internal primer set 3158N [forward, 5′-GTT(A)ATGCTT(C)TGCATA(T)CATGGCT-3′] and 3159N [reverse, 5′-AGCCGACGAAATCAATTCTGTC-3′]. The expected product of the universal nested RT-PCR was 348 bp.

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