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샘플이나 target gene의 수가 많아지면 당연히 plate를 여러개로 나눠야 해서 실험이 복잡해지죠. 중요한 것은 reference gene (house-keeping)과의 차이 (dCt)이기 때문에, plate 마다 auto- 또는 수동으로 설정한 threshold를 적용하면 됩니다. 결과적으로 plate마다 threashold가 다 달라집니다. 또 그렇기 때문에 reference gene을 매 plate마다 포함시켜야 겠죠. 상대정량에서 중요한 것은 dCt값이기 때문입니다.