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Wash buffer가 사용되는 것은 대부분 column 방식, magnetic beads 방식 등의 추출법에서 거의 마지막 단계에서 사용됩니다.
gDNA를 추출한다는 것은 샘플이 미생물이던 인간 세포던 간에 모두 깬 다음에 DNA가 결합할 수 있는 컬럼(대부분 glasswool)을 통과시키거나, DNA가 결합하는 beads를 섞어 준 다음 wash buffer를 넣어 다시 컬럼을 통과시키거나, beads를 세척하고 나온 용액을 버리게 됩니다.
이 부분이 필요한 이유는 세포가 깨지면서 여러 cell debris가 발생하는데, 이들 중에서도 charge에 의하거나 또는 크기, 모양 때문에 컬럼이나 beads에 결합되어 있는 경우가 있고 실험의 목적은 DNA를 추출하는 것이기 때문에 이외의 것들은 불순물로 정의하고 제거하기 위해 70% EtOH(Wash buffer에 Abs. EtOH을 넣은 최종 농도로 프로토콜마다 농도는 조금씩 다를 수 있음) wash buffer로 세척하여 나오는 용액을 버리는 것입니다.
70% EtOH wash buffer는 DNA가 잘녹는 용액이 아니므로 결합되어 있는 DNA가 떨어져 나오는 것을 최소화하면서 나머지 불순물을 제거하기 좋습니다.
또한, 그 특유의 휘발성으로 인해 잔류되는 양도 적어서 많은 실험에서 wash buffer에는 EtOH 등을 섞어 사용합니다.