실험 Q&A > Bioinformatics
항체 CDR 유사서열 검색관련 질문입니다(BLAST)
레벨1 바이오연구함 (과기인)
항체의 VH CDR1, 2, 3을 모두 포함하는 것을 BLAST로 검색하려고하는데요..
예를들어
VH CDR1: ABCD
VH CDR2: EFGH
VH CDR3: JKLM
일때,
각각의 CDR을 모두포함하는 단백질 서열을 상동성검색하고 싶어서요..
ABCD EFGH JKLM을 한번에 넣고 검색하면,
AB---CDE---FG---HJ--KLM 이런식으로 각각의 CDR이 파괴되서 불가능하구요.
공백값을 크게 하면, 각각의 CDR1, CDR2, CDR3가 한번에 붙어있는 서열
ABCDEFGHJKLM을 기준으로 나와서 의미가 없어지더라구요..
CDR1, CDR2, CDR3의 개별적인 서열은 유지하면서
각각의 CDR 사이에는 임의의 공백이 있어도 괜찮도록 검색할 수 있을까요?
예)
1. ---ABCD-----EFGH------------JKLM-
2. -------ABCD----------------EFGH---JKLM--
등등..
이렇게 검색되게요.
BLAST말고 다른 프로그램이어도 검색이 가능하다면 알려주셔도 괜찮습니다.
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