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질문 간암 세포 cell line에서 qRT-PCR 결과 cell line별로 peak이 달라요
알ymk8028(대학원생)  |  01.16 10:29

간암세포에서 타겟하는 유전자를 qRT-PCR로 확인하기 위해서 primer로 HCC cell line(Hep3B, Huh7, PLC, SNU423, SNU449, SNU475, SNU368, SNU398)과 NC(MIHA, THLE)로 qRT-PCR 진행했습니다.

그런데 Hep3B, Huh7, PLC, MIHA에서는 증폭이 잘 안되는 2peak이 뜨고 나머지 cell line에서는 1 peak으로 잘 증폭되는 것을 확인했습니다.

또한, 간암조직에서도 qRT-PCR 진행했는데 Tumor에서는 one peeak이 뜨고 non-tumor에서는 증폭이 낮게 2 peak이 나타났습니다.

샘플이 조직일 경우, 조직이라는 특정때문이라고 생각했는데, cell line에서 cell 별고 다른 결과가 나오는 것을 보고 의문이 생겨서요

cell에서 RNA 뽑고 cDNA 합성해서 qRT-PCR 결과, cell 별로 peak이 다르게 나오는 경우가 있나요?

 

#qRT-PCR
 
#HCC cell
 
#Tissue
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답변 본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.
ㅇㅇ  |  01.16 13:25   

프렙 조건과 RNA 퀄리티, PCR 조건이 동일하다는 가정 하에 확인하신 target이 cell 간 variation이 있는 경우면 당연히 그런 결과가 나올 수 있습니다. 1 peak의 경우 잘 발현하는 것으로 볼 수 있고, 2 peak의 경우는 잘 발현하지 않아서 프라이머가 일정 부분 시퀀스가 겹치는 다른 template에 binding하여서 떠졌을 수도 있구요.

아니면 세포마다 splicing variants의 발현 양상이 다른 경우가 있을 수도 있습니다.

일단 해당 내용은 추정일 뿐이므로 모든 샘플에서 1 peak이 떠지는 조건을 잡으시는 것이 제일 바람직합니다. 모든 샘플에서 1 peak이 뜨는 조건에서 비교해 봤을 때 기존 2 peak이 뜨는 샘플들이 밴드가 연하게 보인다면 위 가설이 맞을 겁니다.

결과에서 non-tumor가 2 peak이 뜬 걸로 봐서는 tumor의 severity에 연관되었을 가능성도 있을 것 같습니다.

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