실험 Q&A Mol. Biol.-RNA > Purification/Isolation
fungal RNA isolation 질문드립니다.
레벨2 카제카게 (대학원생)
안녕하세요, 지나가던 대학원생입니다.
저는 미생물 중에 bacteria의 분자생물학을 공부하였고, 최근에는 fungi를 이용하여 분자생물학을 적용하여 새로운 분야로 넘어가는 과도기 상태입니다.
진행하고 있는 실험은 고체상태의 배지에서 fungi와 천연추출물간 상호작용에 관한 연구를 진행하고 있습니다.
저는 고체배지에서 자라는 fungi를 모아서 RNA를 추출하고자 합니다.
대부분의 경우, 곰팡이의 RNA 추출은 액체배양을 통해 harvest한 뒤에, pellet을 liquid nitrogen을 이용하여 분쇄시키고, manual 또는 kit로 진행하는 것 같습니다.
비슷하게 따라하고자,
저는 고체배지에서 자라는 곰팡이를 가로x세로(2x1cm2) 로 PDA배지를 잘라서, 액체질소와 막자사발을 이용하여 RNA를 추출하였습니다.(Q사의 RNA 추출 kit 이용)
문제는 nanodrop의 결과입니다.
260/280은 2.02로 괜찮게 나왔지만, 농도가 40ng/ul(40ul elution), 260/230은 0.67로 매우 안좋은 quality를 나타냈습니다.
(처음 시도였던것 치고, 운이좋게 RNA전기영동에서 28S, 18S band를 확인하였습니다.)
이러한 원인 중 하나로 여겨지는 것은, PDA배지 성분 중 carbohydrate의 성분이 같이 용출된 것으로 추정하고 있습니다.
이러한 이유로, PDA 배지에서 RNA를 새로 추출하고자 새로운 방법을 고안하였습니다.
새로 고안한 방법은
->PDA 배지에서 생장 중인 mycelia 부근만 piece를 자르고, 50ml 튜브에 넣은 뒤
->tween 20이 첨가된 0.03% D.W로 wash 이후, agar에서 떨어져나온 fungi를 centrifuge를 통해 harvest 진행 후
->pellet를 nitrogen을 이용하여 분쇄한 뒤, RNA를 추출하는 방법을 고안하였습니다.
이 방법에 첨언을 해주시거나 또는, 고체배지의 fungal RNA를 추출하는 방법을 아시는 분계시면 도움을 주셨으면 감사하겠습니다.
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