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 전체 > Molecular Biology-DNA > Sequencing
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질문 primer 깨짐이란게 무슨의민지 궁금합니다!
알뚜야(대학원생)  |  01.13 16:07

제노텍이라는 회사에 sequencing을 primer랑 같이 보냈는데 primer깨짐이 의심된다고 comment가 달렸더라구요..

그래서 제노텍에 물어보았는데 primer를 상온에 오래냅두거나하면 깨질수도있다고하는데 서열분석에는 아무런 지장없이 분석을 할 수 있다고하더라구요

그 깨졌다는게 정확하게 뭔지를 알고싶은데 그쪽 회사에서도 정확한 답변을 안주셔서 너무 답답해서 질문합니당..ㅠㅠ 

#sequencing
 
#primer
 
#sequence
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대왕개구리SPEED  |  01.13 16:19  
채택답변: 질문자가 채택한 답변입니다.

그냥 말그대로 깨져서 분해된 겁니다.

예를 들어 21mer primer가 있다면 분해되어 21mer이하의 random한 크기로

되었다는 뜻입니다.

알뚜야  |  01.13 16:27  

스피드님 감사합니다

근데 primer는 왜 깨지는 현상이 일어나는걸까요?ㅠㅠ

 

대왕개구리SPEED  |  01.13 16:38  
채택답변: 질문자가 채택한 답변입니다.

여러가지가 있을겁니다.

일반적으로는 잘 발생하지 않습니다만 Dnase 오염, 반복적인 냉동 및 해동, 특히

해동 시 높은 온도에서 하는 경우 등 이외에도 많은 원인 있을 겁니다.

하지만 Dnase 오염, 구조적 불안정이 없을 경우 실온에 보관한다고 분해되지는

않습니다.

어떤 분해되는 원인이 발생했을 때 온도가 낮은 것 보다는 높은 것이 분해를

촉진 시키기는 합니다.

대왕개구리강시  |  01.13 20:01  
채택답변: 질문자가 채택한 답변입니다.

primer가 손상을 입어서 염기 몇개가 떨어져 버렸다면 sequencing에 사용하면 안됩니다.

primer의 3' 말단이 손상을 입으면 상관 없으나 5' 말단이 손상을 입으면 엉뚱한 sequencing결과가 나옵니다.

Sanger sequecing이라는 것이 primer에 nucleotide가 결합하면서 길이가 늘어나고 그 하나의 염기차이로 젤 이동속도가 달라져서 sequence를 읽을 수 있는 방법입니다. 그런데 5' 말단이 손상되면 sequence가 하나씩 뒤로 밀리는 결과를 가져옵니다. 그것도 각 primer마다 제거된 염기수가 다르다면 더욱 엉망이 됩니다.

혹시 모르니 primer를 다시 합성해서 사용하는 것을 권합니다.

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