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 전체 > Molecular Biology-DNA > Gene Cloning
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질문 alternative splicing form이 여러개인 gene은 cloning시 어떻게 mRNA를 선정하시나요?
알뿡빵(대학생)  |  01.12 18:53

안녕하세요!

도움을 요청합니다.

 

NCBI기준 alternative splicing form이 여러개인 유전자의 경우, genernal하게 사용되는 form이 있을 텐데, mRNA에 부여되는 NM_XXXX.X 형태를 google scolar에도 입력해보고, minigene 검색 등.. 다양한 방법을 해봐도 잘 안나오네요..

 

도와주세요!

#cloning
 
#alternative splicing
 
#mRNA
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답변 본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.
대왕개구리SPEED  |  01.12 19:37  

target protein의 서열을 기준으로 primer를 기준으로 cDNA 하면 됩니다.

예를 들어 Exon1, Exon2, Exon3, Exon4로 이루어진 mature gene이 있을 때

case 1 : Exon1 + Exon2 + Exon3 + Exon4

case 2 : Exon1 + Exon2 + Exon3

case 3 : Exon1 + Exon2 + Exon4

case 4 : Exon1 + Exon3 + Exon4

case 5 : Exon2 + Exon3 + Exon4 등 5가지 case 발생 가능합니다.

각 case 별 원하는 F / R primer를 사용하면 됩니다.

 

 

대왕개구리강시  |  01.13 04:44  
채택답변: 질문자가 채택한 답변입니다.

alternative splicing이 다양하게 되는 것은 조직마다 다른 형태의 isoform 단백질이 필요하거나 조직의 환경조건변화에 따라서 다른 isoform이 필요하기 때문입니다.

어느 특정 isoform이 일반적이다 라고 말하기 어려운 경우가 많습니다.

그럴때는 어쩔 수 없이 보고된 논문을 참조해야 합니다.

여러 isoform들의 형태를 보면, 유전자의 exon들 중에서 몇개의 exon은 공통적으로 사용되고 몇개의 exon이 alternative하게 사용되는 경우가 많습니다.

보통 두세개의 isoform으르 만들므로 그 두세개의 형태를 각각 만들어서 사용합니다.

어느 한 isoform만 만들면 님이 사용하는 실험조건에 맞지 않은 단백질이어서 실험 결과를 얻지 못할 수도 있습니다.

번거롭더라도 여러개를 만들어서 사용해 보세요.

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