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target protein의 서열을 기준으로 primer를 기준으로 cDNA 하면 됩니다.
예를 들어 Exon1, Exon2, Exon3, Exon4로 이루어진 mature gene이 있을 때
case 1 : Exon1 + Exon2 + Exon3 + Exon4
case 2 : Exon1 + Exon2 + Exon3
case 3 : Exon1 + Exon2 + Exon4
case 4 : Exon1 + Exon3 + Exon4
case 5 : Exon2 + Exon3 + Exon4 등 5가지 case 발생 가능합니다.
각 case 별 원하는 F / R primer를 사용하면 됩니다.
alternative splicing이 다양하게 되는 것은 조직마다 다른 형태의 isoform 단백질이 필요하거나 조직의 환경조건변화에 따라서 다른 isoform이 필요하기 때문입니다.
어느 특정 isoform이 일반적이다 라고 말하기 어려운 경우가 많습니다.
그럴때는 어쩔 수 없이 보고된 논문을 참조해야 합니다.
여러 isoform들의 형태를 보면, 유전자의 exon들 중에서 몇개의 exon은 공통적으로 사용되고 몇개의 exon이 alternative하게 사용되는 경우가 많습니다.
보통 두세개의 isoform으르 만들므로 그 두세개의 형태를 각각 만들어서 사용합니다.
어느 한 isoform만 만들면 님이 사용하는 실험조건에 맞지 않은 단백질이어서 실험 결과를 얻지 못할 수도 있습니다.
번거롭더라도 여러개를 만들어서 사용해 보세요.