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실험은 과학이기 때문에 상당히 합리적, 효율적으로 설계되어 있습니다.
단순한 아이디어를 접목하기 위해서는 상당히 여러 방면에서 고려해봐야합니다.
PCR에서 NaOH를 사용하여 ssDNA를 만들경우..
1. PCR의 목적은 target dsDNA의 증폭 및 확인이며 그 과정중 ssDNA 상태가
필요한 것입니다.
NaOH를 넣으면 계속 ssDNA로 존재하기 때문에 dsDNA 전환이 불가능.
2. NaOH를 사용하면 DNA 중합효소가 변성되어 증폭이 불가능.
3. Tm 개념이 사라져 primer binding이 불가능
결과적으로 PCR이 불가능합니다.
GC content가 너무 높으면 heating을 해도 denauration이 잘 안되서 NaOH를 사용합니다.
template DNA와 primer를 섞고,
NaOH를 넣고 가열한 다음,
Tris-Cl buffer를 넣어서 중화시킵니다.
그다음 heating하지 않고 첫번째 PCR cycle을 돌린다음 정상적인 PCR을 돌립니다.